乳源瑶族自治县的历史可以追溯至南宋乾道三年（公元1167年），当时在曲江西境乳源乡和崇信乡的部分区域，以及乐昌南境新兴乡的部分地区，共设置乳源县，隶属于广南东路的韶州。这个县名源于县北的丰岗岭溶洞，因钟乳石和洞中涌出的泉水而得名。
从秦朝至元代，乳源县的行政区划历经多次变迁，秦属南海郡，汉为桂阳郡，三国吴时期归属始兴郡，唐朝归韶州管辖。元代时，乳源隶属于江西行省广东道韶州路。明朝洪武元年（1368年），乳源成为广东布政司韶州府的一部分。
清朝时期，乳源继续属于广东省韶州府，直至光绪年间，它归属南韶东道韶州府。到了民国，乳源县的行政区域归属历经南韶连道、韶州府的变动，直至民国35年归属广东省第二行政督察区。
中华人民共和国成立后，乳源在1949年10月9日解放，属于广东北江行政公署，后来改称粤北行政公署。1952年，乳源与曲江合并，成为曲江乳源县。土地改革完成后，乳源县建制得以恢复。1958年，乳源县被撤销并入韶关市，成为其郊区。1963年，乳源瑶族自治县正式成立，归属韶关专员公署和韶关地区革委会等行政机构。
1983年，随着韶关地区与韶关市的合并，乳源瑶族自治县归韶关市管辖。2000年，乳源县下辖15个镇和2个乡，人口普查数据显示了各乡镇的具体人口数量。2002年至2005年，乳源县的行政区划进行了一定调整，撤销了一些乡镇，并入其他乡镇，最终在2005年底，乳源瑶族自治县的行政镇级单位缩减为9个。
乳源瑶族自治县位于广东省北部、韶关市区西部31千米处，东邻武江区，西连阳山县，南毗英德市，北与乐昌市接壤，西北角与湖南宜章县相依。全县总面积2227平方千米，总人口20.5万人（2006年），其中农业人口16.5万；瑶族人口2.5万，占全县总人口的12.2%。地处中亚热带山地，溶蚀高原地貌显著，多峡谷，境内森林、水力、矿产、旅游资源丰富。