黄山市环境保护局的主要职责包括:
一、执行国家和省环保政策法规，制定并监督实施地方环保规范，规划重点区域和流域防治，编制环境功能区划，参与主体功能区划的制定。
二、负责重大环境问题的协调和监督，处理重大污染事故和生态破坏事件，指导应急预警工作，协调跨区域环境纠纷，统筹流域和区域污染防治。
三、负责减排目标的落实，实施排污许可证制度，制定污染物排放总量控制措施，监督减排任务完成情况，实行环境保护责任制和总量减排考核。
四、从源头上预防和控制环境污染，审查重大经济政策和开发计划的环境影响，参与地方性法规的环保意见，负责建设项目环境影响评价的审查审批。
五、负责污染防治的管理，包括大气、水体、土壤等污染防治，监督饮用水源地保护，指导城乡环境综合整治。
六、指导生态保护，拟订生态保护规划，评估生态环境质量，监督自然资源开发和生态恢复，协调各类保护区和野生动植物、湿地保护工作。
七、负责辐射安全监督，处理辐射事故，管理放射源安全，监督相关污染防治。
八、进行环境监测和信息发布，实施环境质量监测，发布环境质量公告，推动环境保护科技发展和产业进步。
九、参与国际环保条约的履约活动和涉外环境保护事务处理，推进环保宣传教育，促进生态文明建设。
十、协助管理县（区）环保部门，完成市政府交办的其他重要任务。
根据《中共安徽省委办公厅 安徽省人民政府办公厅关于印发的通知》（厅〔2009〕60号），设立市环境保护局，为市政府组成部门。