吉林大学农学部的办学历史可以追溯至清朝末年，1904年清政府在河北保定创建的北洋马医学堂，这个学校被视为中国现代兽医教育的起点。1953年，根据中央军委的决定，吉林大学农学部的前身——解放军第二兽医学校，与解放军第一、第三、第四兽医学校在长春合并，成立了中国人民解放军兽医大学，朱德总司令亲笔题写了校名，这一事件标志着新中国高等军事兽医教育的开端。
随着军队现代化进程的推进和人才需求的变化，学校在1992年和1999年经历了两次更名，先为“解放军农牧大学”，后为“解放军军需大学”。江泽民主席曾两次亲临学校视察，并题写校名，彰显了学校在国内外的广泛影响力。2003年，中央军委决定撤销军需大学，将其整体移交给地方继续办学。
根据国务院和中央军委的批复，2004年5月，军需大学被教育部接管，并与吉林大学合并。同年8月，军需大学正式并入吉林大学，更名为吉林大学农学部。吉林大学对农学部实行统一领导，但同时，学部也享有一定的自主权，独立管理校区事务，设有专门的党委和管理机构，负责教学、科研、学生管理、后勤、产业和资产等工作。
吉林大学农学部（和平校区）现坐落在长春市西部，位于西安大路5333号。校园占地面积170余万平方米，建筑面积36万平方米。校园绿树成荫，环境优美，各种建筑错落有致，办学和生活设施齐全