所（中心）设有 政策与法规研究室、水电与水环境研究室、新技术与标准研究室、工程安全与灾害防治研究室、农村新能源研究室等5个研究室和小水电工程质量检测中心、水利水电工程安全监测中心等2个工程（检测）中心，并设有浙江中洲水利水电规划设计有限公司、 杭州亚太建设监理咨询有限公司、杭州亚太水电设备成套技术有限公司、杭州思绿能源科技有限公司、杭州瑞迪大酒店有限公司公司等5个科技开发和技术服务机构。 综合处
负责文秘及办公管理、档案管理、党务管理、法人资质管理、车辆管理。人事管理：人力资源、劳动工资、专业技术职务评聘、干部管理。财务资产管理：负责资产、会计及财务管理，基建和修缮管理。内部审计，工会、老干部工作、安全保卫工作等。
科研管理处
负责科研项目申报评估、进度控制、质量监督和管理；标准制修订管理；项目合同备案和管理；科技统计等工作。
外事与培训处
负责外事管理；对外联系及国际交流；承担国际培训工作。
后勤服务中心
负责基础设施日常维护，环境卫生和绿化管理，为科研生产和职工生活提供后勤保障。 政策与法规研究室
组织开展农村水电行业发展战略和政策法规等方面科学研究；开展农村水电重大工程的政策、管理机制等方面研究；开展水电清洁发展机制和绿色水电评价机制研究。
水电与水环境研究室
开展水能资源新型开发模式研究；开展农村水电开发对生态环境影响研究；开展农村水电规划、设计、运行等方面的经验总结与技术改造方面的研究；开展与本专业相关标准的研究与制修订工作。
新技术与标准研究室
开展农村水电工程新技术、新设备的研究和开发；开展农村水电信息化建设；开展农村水电标准体系研究；负责协调农村水电各个专业相关标准的研究与制修订工作。承担国内培训工作。负责所两刊一网和学会专委会工作。
工程安全与灾害防治研究室
开展水利水电工程安全与灾害防治技术研究；开展农村水电工程质量安全监管保障机制研究；开展与本专业相关标准的研究与制修订工作。
农村新能源研究室
开展可再生能源开发技术研究；开展小水电及多种能源互补技术研究；开展电气化、农村电网及微网技术研究；开展与本专业相关标准的研究与制修订工作。 水利部农村水电工程技术研究中心
面向我国农村水电行业，组建一个开展农村水电领域基础理论、关键技术研究和成果转化的开放平台；汇聚本领域国内外一流的科技人才，建设一支为新时期农村水电建设和管理服务、精干高效的研究队伍；通过联合攻关、技术创新和成果推广，促进行业科技进步，为进一步提高农村水电行业的现代化水平提供有力的技术支撑。
小水电工程质量检测中心
开展水利水电工程质量检测，包括水电站和泵站的机电、金属结构和水工建筑物质量检测以及其它水利工程的量测和质量检测业务等。承担全国小水电安全评级与标准化建设工作；开展与本专业相关标准的研究与制修订工作。
水利水电工程安全监测中心
开展水工结构、岩土工程和水利水电工程安全监测的科学研究与技术咨询工作；开展与本专业相关标准的研究与制修订工作。 浙江中洲水利水电规划设计有限公司
开展水利水电工程建设技术咨询和设计业务，参加与本专业相关标准的研究与制修订工作。
杭州亚太建设监理咨询有限公司
开展水利水电及交通工程建设监理业务，参加与本专业相关标准的研究与制修订工作。
杭州亚太水电设备成套技术有限公司
从事水电站、泵站、闸门的自动化监控系统和水利信息化产品成套；从事出口贸易及技术服务；参加与本专业相关标准的研究与制修订工作。
杭州思绿能源科技有限公司
从事农村水电工程新技术、新设备、新能源开发；小水电及多种能源互补技术、水电信息化、农村电网及微网技术等科学成果的转化和推广；参加与本专业相关标准的研究与制修订工作。
杭州瑞迪大酒店有限公司
国内外培训配套服务及对外经营。 中国水力发电工程学会小水电专业委员会
2008年6月经中国水力发电工程学会、中国科协、浙江省民政厅等单位审批，民政部民间组织管理局批准，中国水力发电工程学会小水电专业委员会正式成立，并注册登记，批准文号民社登[2008]第1102号，登记证书号为社证字第3742-30号。挂靠单位是水利部农村电气化研究所，秘书处设在《小水电》杂志编辑部。中国水力发电工程学会小水电专业委员会（以下简称专委会）是在中国水力发电工程学会领导下的群众性、非盈利性的学术团体，属国家二级学术团体。小水电专委会主要工作是开展小水电行业政策研究、学术交流、科技推广、技术培训和项目咨询等活动。具体工作内容： (一) 组织开展小水电行业方针政策、管理体制和运行机制的研究，提出相应建议供行业主管部门决策参考； (二) 组织小水电行业管理和技术工作者定期开展国内外学术交流活动； (三) 承担小水电行业业务培训工作，促进小水电工作者管理和技术水平的提高； (四) 参与国家和行业相关规范、规程和标准的编制工作； (五) 开展小水电项目的技术咨询，参与小水电行业新技术、新产品、新材料和新工艺的技术鉴定和推广应用，促进行业科技进步； (六) 编辑、出版、发行本专业论文专刊《小水电》会刊，负责小水电专委会网站的建设和管理工作。 第一届专委会成立大会于2008年12月15日在杭州举行，专委会第一届委员会委员由64位成员组成，均为我国小水电管理、设计、运营、制造、科研、教学等单位的领导、专家和工程技术人员，大多数是具有高级职称的专家；45岁以下的委员占70%。 2013年11月20日，中国水力发电工程学会小水电专委会2013年会和换届会议在杭州举行。45位委员和代表出席会议。中国水力发电工程学会常务副秘书长吴义航宣读“关于同意中国水力发电工程学会小水电专委会第二届委员会委员组成名单批复”文件（水电学秘字[2013]第058号）。年会顺利完成中国水力发电工程学会小水电专委会的换届工作。小水电专委会第二届委员会由来自45家委员单位共69名委员组成。年会审议并一致同意通过专委会工作报告、《小水电》杂志编委调整名单。
中国水利学会水力发电专委会
小水电杂志编辑部
《小水电》杂志是水利部农村水电及电气化发展局、中国水利学会水力发电专业委员会、中国水力发电工程学会小水电专业委员会、中国电机工程学会小水电专业委员会、水利部农村电气化研究所（亚太地区小水电研究培训中心）主办的全国唯一小水电专业技术性期刊。1984年3月创刊，国内外正式公开发行。国际标准刊号：ISSN 1007-7642，国内统一刊号：CN33-1204/TV。
