如皋市人民医院的机构设置相当完善，分为多个部门以满足不同医疗需求。首先，医院的核心管理层包括院长室，负责医院的整体运营和决策。
医疗业务方面，设有四个主要病区：四病区专攻神经外科和高压氧治疗，五病区则关注心内科和心电图检查；六病区专注于骨外科服务；七病区主要处理儿科病例；八病区负责泌尿、胸外科的诊治；九、十病区和产房则由妇产科负责。
行政支持部门有党办、院办、纪检监察室，确保医院运营的公正和透明；人力资源和培训由人事科、工会、科教科、信息科、麻醉科和感控科分别管理；门诊部和急诊科提供日常医疗服务，防保科和120急救中心则负责公共卫生和紧急救援。
设备、科研和医疗支持部门包括设备科、肾脏内分泌科（含血透室）、眼科、体检中心、口腔科、财务科、中医针灸推拿科、总务科、皮肤科、基建办、超声科、保卫科、放射科、病案室、检验科，分别负责医疗设备维护、医疗研究、医疗服务设施、财务管理和后勤保障等。
在临床科室方面，一病区覆盖血液和呼吸科，二病区处理普外科，三病区则集中于神经内科和脑电图检查；药剂科则负责药品管理和供应。每个部门都为医院的高效运作和患者健康提供了关键支持。
如皋市人民医院创建于1921年，是一所集急救、医疗、教学、科研和预防于一体的二级甲等综合医院、国家级爱婴医院、如皋市红十字医院、南通大学医学院教学医院和江苏省职工医科大学教学医院以及如皋市120急救中心。2004年9月与原尘洁医院合并，并全面委托上海仁济医疗管理有限公司经营管理，从技术到管理全面接轨上海。