主词条：丰缘地方
《口袋妖怪 红宝石·蓝宝石》的故事设定在与前作关都地方和城都地方有一定距离的丰缘地方。设计基于日本的九州岛和九州地方，然而相比其原型旋转了90°，因为增田顺一感到此举会带来更好的游戏平衡。 该地区包含了九座城市、六座城镇和多个景点，彼此之间以道路互相连接。 増田顺一声明地名来自汉字“豊縁”，意为丰缘地方是个有“丰富缘分”的场所，表示人与神奇宝贝关系的主题。 与口袋妖怪主线系列的其他作品一样，本作是一款线性游戏，主要的剧情按照固定的顺序发生， 游戏的主角是一名刚搬到未白镇的小孩，他的父亲是邻近的橙华市的道馆训练家。游戏开始时，主角可从小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡或水跃鱼作为初学者神奇宝贝，博士的孩子（性别设定与主角不同）也是一名神奇宝贝训练家，与主角亦敌亦友，在剧情中也会与主角进行若干次战斗。游戏的两个主要目标分别为打败八个道馆的馆主，进而击败四大天王成为新的冠军，以及捕捉到全部386种神奇宝贝完成神奇宝贝图鉴。
在主角前往第一道馆的途中，遭遇并击败敌对组织，救出得文制造股份有限公司的研究员并夺回被抢走的物品。 第三道馆后，主角来到釜炎镇时会再次遭遇敌对组织，这次他们挟持了索蓝斯博士到邻近的流星瀑布，而主角赶到后他们已经携带陨石并撤离。主角之后追至烟囱山，敌对组织企图利用陨石的力量改变丰缘地区的环境被主角阻止。 剧情发展到第五道馆后，敌对组织展开下一个阴谋，他们企图从119号道路的天气研究所偷走能改变天气的神奇宝贝漂浮泡泡，但旋即被玩家阻止， 第六道馆后，敌对组织从送神火山顶偷走了能控制传说中的神奇宝贝固拉多与盖欧卡的红色宝珠（或蓝色宝珠），并偷走了库斯诺吉馆长在凯那市的潜水艇，主角追至并潜入总部，却来不及阻止潜水艇开出，敌对组织将潜水艇开至传说中的神奇宝贝所在的海底洞窟，并用红色宝珠（或蓝色宝珠）将其唤醒，后者随即来到了琉璃市的觉醒之祠，丰缘地方的天气也发生了剧烈的变化，直到主角赶至觉醒之祠并击败（或捕获）固拉多或盖欧卡，才彻底瓦解了敌对组织的阴谋，让世界恢复正常。
