新制度经济学派在近百年的发展历程中，内部各学派间的理论分歧尤为显著。主要体现在经济学方法论和基本假设两个方面。
首先，关于经济学方法论，新制度主义的代表加尔布雷思秉承凡伯伦和康芒斯的传统，强调非形式化分析，反对数字模型和计量学的应用。他们关注概念总结和制度背景的理解，研究对象倾向于整体环境，认为个体主义研究过于局限，应包括多学科视角。相反，以科斯为代表的新制度经济学派则接纳形式主义，主张从个体出发，强调经济现象本质上应由个体的性质决定。
其次，关于基本假设，科斯修正了新古典经济学的“完全理性”假定，提出“有限理性”。加尔布雷思则主张用“社会一文化人”概念替代“经济人”，强调心智结构的复杂性，理性并非绝对，而是适应性的。他们认为，这两种假设都忽略了心智的多层次性。
这些差异导致了加尔布雷思学派倾向于非形式化和整体主义的研究方法，强调政策分析和规范性，但形式主义方法在处理复杂经济体系时存在局限。而科斯学派的个体主义视角则强调经济现象的内在个体驱动，但忽视了文化、制度对个体行为的深刻影响。因此，新制度经济学派内部的理论争议反映了整体与个体、形式与非形式的多元视角。
新制度经济学派是当代西方经济学的主要流派之一。在当今西方经济学舞台上，该学派主要有两种。一是以加尔布雷思为代表的新制度经济学派(Neo-institutional economic school)，另一个是以科斯等人为代表的新制度经济学派(New institutional economic school)。
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