通用条款是所有相同版本的建设工程施工合同共有的内容。
专用条款是签订合同的双方针对合同项下的那个工程或者项目所作的有针对性的、不同于通用条款或者将通用条款予以细化的特别约定。
发包方与承包方结合具体工程，经协商一致，可对通用条款进行补充或修改，在专用条款内约定。合同履行中是否执行通用条款要根据专用条款的约定。如果专用条款没有对通用条款的某一条款作出修改，则执行通用条款，否则按修改后的专用条款执行。在工程招标中，通用条款是作为招标文件的一部分提供给投标人。无论是否执行通用条款，通用条款都应作为合同的一个组成部分予以保留，不应只把协议书和专用条款作为全部合同内容。
1、施工合同范本(GF-1999-0201)的名词定义指出：通用条款是根据法律、行政法规规定及建设工程施工的需要订立，通用于建设工程施工的条款;专用条款是发包人与承包人根据法律、行政法规规定，结合具体工程实际，经协商达成一致意见的条款，是对通用条款的具体化、补充或修改。
各类范本中的通用条款是根据《合同法》、《建筑法》等法律、行政法规制定的，同时，也考虑了建设工程施工中的惯例以及施工合同在签订、履行和管理中的通常做法，具有较强的普遍性和通用性，是通用于各类建设工程施工的基础性合同条款。建设工程虽然具有单件性，不同的工程在施工方案以及工期、价款等方面各不相同，但在工程施工中所依据的法律、行政法规是统一的，发包方与承包方的权利和义务是基本一致的，对于违约、索赔和争议的处理原则也是相同的。因此，可以把建设工程施工中这些共性的内容固定下来，形成合同的通用条款，实际工程可以直接原文不加修改的引用。这种做法的优点是直接使用普遍熟悉和流行的工程管理制度，提高效率，保证公平。
2、企业或建设项目的实际做法
一些长期有建设工程发包业务的单位(如房地产公司)或大型建设项目，需要签订较多工程或标段的合同，根据企业管理制度和整个建设项目管理的统一要求，制定统一的通用合同条款，然后针对不同标段合同的具体情况制定专用合同条款。
3、具体项目合同的可谈判性差别
有些工程不准备采用范本，特别拟定了富有特色的合同时，可以不区别通用与专用，只需要一份齐全完整的“合同条款”。但在特殊情况下，可将不可谈判的条款内容构成通用合同条款，对于可谈判的条款内容构成专用合同条款。
发包方与承包方结合具体工程，经协商一致，可对通用条款进行补充或修改，在专用条款内约定。合同履行中是否执行通用条款要根据专用条款的约定。如果专用条款没有对通用条款的某一条款作出修改，则执行通用条款，否则按修改后的专用条款执行。在工程招标中，通用条款是作为招标文件的一部分提供给投标人。无论是否执行通用条款，通用条款都应作为合同的一个组成部分予以保留，不应只把协议书和专用条款作为全部合同内容。
1、施工合同范本(GF-1999-0201)的名词定义指出：通用条款是根据法律、行政法规规定及建设工程施工的需要订立，通用于建设工程施工的条款;专用条款是发包人与承包人根据法律、行政法规规定，结合具体工程实际，经协商达成一致意见的条款，是对通用条款的具体化、补充或修改。
各类范本中的通用条款是根据《合同法》、《建筑法》等法律、行政法规制定的，同时，也考虑了建设工程施工中的惯例以及施工合同在签订、履行和管理中的通常做法，具有较强的普遍性和通用性，是通用于各类建设工程施工的基础性合同条款。建设工程虽然具有单件性，不同的工程在施工方案以及工期、价款等方面各不相同，但在工程施工中所依据的法律、行政法规是统一的，发包方与承包方的权利和义务是基本一致的，对于违约、索赔和争议的处理原则也是相同的。因此，可以把建设工程施工中这些共性的内容固定下来，形成合同的通用条款，实际工程可以直接原文不加修改的引用。这种做法的优点是直接使用普遍熟悉和流行的工程管理制度，提高效率，保证公平。
2、企业或建设项目的实际做法
一些长期有建设工程发包业务的单位(如房地产公司)或大型建设项目，需要签订较多工程或标段的合同，根据企业管理制度和整个建设项目管理的统一要求，制定统一的通用合同条款，然后针对不同标段合同的具体情况制定专用合同条款。
3、具体项目合同的可谈判性差别
有些工程不准备采用范本，特别拟定了富有特色的合同时，可以不区别通用与专用，只需要一份齐全完整的“合同条款”。但在特殊情况下，可将不可谈判的条款内容构成通用合同条款，对于可谈判的条款内容构成专用合同条款。
不太清楚你的问题，我这样理解：通用条款指的是一般施工格式合同上都有的条款，而专用条款指的是当事双方特别约定的条款。不知这样理解对不对。
你是指GF-1999-0201样式的合同吧。里面份协议书、通用条款和专用条款。虽然甲乙双方、工程名称、工期、价格及施工范围在协议书中都说到了。但施工项目经理及施工现场施工条件及付款条件及争议解决方法等都是在专用条款中的。如果不加以说明的话在施工中及竣工付款时很容易发生纠纷。但合同只是合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。比布什强制性要求用GF-1999-0201样式的合同。所以合同的样式可以由签订合同的双方自行起草订立。但我个人认为，保险起见还是事前定了合同时吧所有事项一一说明比较好。
通用条款是合同范本规定的一般要求，专用条款是合同当事人双方根据需要约定的内容，专用条款效力大于通用条款。
按合同范本的格式，合同内容包括协议书、通用条款、专用条款和附件，在专用条款内还有补充条款的内容。因此，通用条款和合同协议书不是一回事。
协议书：是合同双方就工程项目达成的协议，主要内容包括：工期、价款、合同支付方式等。
通用条款：是根据法律、行政法规规定及建设工程施工的需要订立，通用于建设工程施工的条款。
专用条款：是发包人与承包人根据法律、行政法规规定，结合具体工程实际，经协商达成一致意见的条款，是对通用条款的具体化、补充或修改。
因此，通用条款是格式条款，不容许修改，但允许在专用条款中进行补充和修改。
按合同范本规定的解释顺序，合同协议书效力最高，其次是专用条款，最后是通用条款。