根据上述职责，四川省科学技术厅设13个内设机构。
（一）办公室
负责机关综合协调、文电、会务、信息、信访、安全、保密、机要、财务、档案以及政务协调、政务公开、督查督办、绩效管理、电子政务等工作。
（二）政策法规处（创新体系建设办公室）
拟订贯彻实施科技发展方针、政策的意见；起草相关地方性法规、规章草案和政策措施；会同有关部门推进创新体系建设和科技体制改革，拟订促进产学研结合的政策措施；承担机关规范性文件的审核工作；组织科技工作重大问题调研和实施软科学研究计划；负责协调中国科学院、中国工程院院士遴选工作。
（三）发展计划处（重大专项办公室）
组织拟订科技发展规划和年度计划，拟订科技支撑、重点基础研究、软科学研究等科技计划，提出科技计划经费配置建议；会同有关方面提出全省科技基础条件平台、重大创新基地建设规划建议；组织自主创新产品认定工作；会同有关部门推进科技重大专项的实施；承担四川省对接国家科技重大专项协调领导小组办公室的具体工作和科技评估、科技统计及国家科技支撑计划项目课题管理的有关工作。
（四）科研条件与财务处
提出科研条件保障的规划和政策建议，推进科技基础条件平台建设；会同有关方面提出科技资源合理配置的政策措施建议；编制预算中的科技经费预决算并监督执行；参与拟订重大科技投入政策和科技经费管理办法；承担厅机关有关行政审批事项；审核相关科研机构的组建和调整；负责本部门国有资产监管工作。
（五）基础研究处
拟订基础研究的规划和政策；组织实施全省重点基础研究发展计划和省级重点实验室建设；组织推动科研基础性工作和中央在川单位与地方的科技合作。
（六）高新技术发展及产业化处
拟订高新技术产业及园区发展规划和政策措施并组织实施；组织推动高新技术成果转化及产业化和相关技术服务的体系建设；负责组织高新技术企业认定和高新技术产品指导目录申报推荐工作；指导高新技术产业开发园区、基地建设；承担四川省高新技术产业及园区发展联席会议办公室的具体工作。
（七）农村科技处
拟订科技促进农村发展的规划和政策措施并组织实施；推动农村科技进步；指导相关重大科技成果应用示范；指导科技扶贫、科技兴农和科技兴市、县工作；指导农业科技园区的有关工作。
（八）社会发展科技处
拟订社会发展领域科技发展规划和政策措施并组织实施；指导涉及人口、医药卫生、资源、环境等社会发展领域的科技工作；促进生物技术发展及产业化；负责可持续发展实验区的有关工作；承担中药现代化科技产业（四川）基地协调领导小组的具体工作。
（九）国际合作处（港澳台办公室）
组织拟订全省对外科技合作与交流的政策措施；承办有关对外科技合作与交流事宜；指导相关单位和市（州）开展国际科技合作与交流工作；承担科技援外与国际科技援助相关工作；承办科技系统引进国外智力的相关工作和涉港澳台的科技合作与交流事宜。
（十）科技成果处
拟订科技成果推广、科技奖励、促进技术市场发展的政策措施；组织实施相关重大科技成果推广计划和大中型技术交易活动；负责科技奖励和科技保密工作；指导科技成果的评价、鉴定和技术市场、科技中介组织建设。
（十一）科技宣传与普及处
拟订全省科普工作规划和政策，负责全省科学技术普及工作；指导协调科普活动和省级科普基地的认定及科普能力建设和科普场馆建设；承担四川省科普工作联席会议办公室的具体工作；负责科技宣传和科技管理干部的教育培训工作。
（十二）人事处
承担机关和直属单位的人事和机构编制工作；拟订科技人才队伍建设规划和政策措施，推进科技人才队伍建设；负责科技系统的干部培训工作；会同有关部门做好科技专家的管理服务工作；承担自然科学研究系列专业技术职称申报评审的相关工作。
（十三）离退休人员工作处
负责机关离退休人员工作，指导直属单位的离退休人员工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。其办事机构的设置方式，由省科技厅党组按照省委规定确定。
