基础教育二司承担普通高中教育、幼儿教育和特殊教育的宏观管理工作；拟订普通高中教育、幼儿教育、特殊教育的发展政策和基础教育的基本教学文件；
组织审定基础教育国家课程教科书，推进课程改革；指导中小学教学信息化、图书馆和实验设备配备工作。
为适应构建学习型社会和教育现代化的需要，进一步加强教育信息化建设，10月16日，成立教育信息化工作办公室，挂靠在科学技术司，作为“教育信息化领导小组”的办事机构。
教育信息化工作办公室的主要职能是：
负责统筹协调、统一管理各级各类教育信息化建设的共性问题；负责研究制定宏观规划和相关政策，推进教育电子政务、基础设施建设、资源整合共享、网络安全保障、标准化、信息技术研发与应用、信息化人才培养；负责重大项目审批与管理等相关工作。
民管办的主要职责是：落实《民办教育促进法》及其实施条例，贯彻教育部党组关于民办教育事业发展的各项决策；
制定民办教育事业发展规划，宏观指导全国各级各类民办教育事业发展；
负责与国务院有关部门的协调和沟通，协调部内有关司局，制定关于落实《民办教育促进法》及其实施条例对民办学校优惠政策的具体措施；配合有关部门及时出台和修订相关的法律、法规和规章制度；组织实施民办教育办学许可证制度。