主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、生活习性不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、波士顿龙虾
波士顿龙虾，别名美洲螯虾，波士顿龙虾，缅因龙虾。属十足目、海螯虾科、螯龙虾属、美洲螯龙虾种。
2、澳洲龙虾
澳洲龙虾，别名澳龙，属十足目、龙虾科、岩龙虾属、澳洲岩龙虾种。
二、形态特征不同
1、波士顿龙虾
体长从20 ~ 60 厘米不等，体重从 ½ ~ 4 公斤不等，体色为橄榄绿或绿褐色，橘色、红褐色或黑色，有两个硕大、肉质丰厚的前螯，其重量约占龙虾体重的15%。第一步足为一对大螯，一侧的螯稍大于另一侧。体表光滑，触角较细。
2、澳洲龙虾
足龄的澳洲龙虾重为100～250g，体色为镶嵌褐绿色，头胸部和腹 部均匀连接，外被一层坚硬外壳；胸足5对，第1对特别发达而成强大的螯。外侧端有一膜鲜质红带，是雌雄分别的第2性征；有3对触须，外缘的1对特别粗长，约长于体长的1/3；尾部有5片强大的尾扇，外缀3片，中部1片较小。
三、生活习性不同
1、波士顿龙虾
波士顿龙虾生活于浅海的岩礁中或在沙砾底挖孔生活。以鱼类、其他小型甲壳类及贝类为食，偶尔也会吃海中植物。天敌则有鳕鱼、比目鱼和其他龙虾等。波士顿龙虾只能在脱壳后的短暂时间进行交配。在幼年时一年约脱壳2 ~ 3 次，成年后 (4 ~ 7岁) 一年约脱壳一次。由于生活在600~700米以下的寒冷海域，波士顿龙虾离水后生存期很短，并且生长特别缓慢。
2、澳洲龙虾
昼伏夜出，白天藏匿洞中，仅显露两对触角和头部用以感触洞外动向，夜间外出觅食。主要摄食小鱼、虾蟹类、小贝类、海胆、藤壶、多毛类、藻类等。龙虾依靠步足爬行，不喜游泳，行动迟缓。触角灵敏，遇敌时转动第二触角摩擦发音器发出吱吱声响以惊吓对方。受惊时常屈腹弹跳，引体向后。喜厮斗，常以俯冲方式攻击对方，有群栖习性，虾群区域性明显，常因季节水温变化和索饵、生殖等因素发生迁移，通常夏季栖于浅水处，秋冬移向较深海区，繁殖时复又到浅海处。
以上内容参考 百度百科-波士顿龙虾、百度百科-澳洲龙虾