苗栗市位于台湾本岛南来北往的交通要道上，铁公路运输发达。在铁路方面，台铁山线大致以北北东－南南西走向贯穿该市，设有苗栗车站及南势车站。其中苗栗车站为山线大站，各级列车均有停靠。由于苗栗市交通拥挤，汽机车排放废气照成环境污染，目前正发展竹竹苗轻轨捷运苗栗地区核心路线－苗栗路线，改善苗栗市都市空气品质。
在高速公路及快速道路方面，中山高速公路大致以北北东－南南西走向紧临该市东侧边界通过，在公馆乡与省道台6线交会处设有“苗栗交流道”，可供利用以前往南北各地。东西向快速道路台72线（后龙 - 汶水）则沿后龙溪东岸绕行该市北侧及东侧，在后龙镇与省道台13甲线交会处设有“造桥交流道”，在头屋乡与省道台13线、乡道苗27-1线交会处分别设有“头屋一交流道”及“头屋二交流道”，在该市水流娘地区（该地深入公馆乡）与省道台6线交会处设有“公馆交流道”，可供利用以前往苗栗县海线地区及山区。
在一般省道方面，台6线（龙港－汶水）行经苗栗市至公路、经国路，向西北可连络后龙镇，向东南可连络公馆乡、狮潭乡及大湖乡。台13线（内湖－丰原）行经苗栗市为公路、国华路、中山路，向东北可连络头屋乡、造桥乡锦水地区、头份镇及竹南镇，向南可连络西湖乡五湖地区、铜锣乡、三义乡及台中县后里乡、丰原市。台13甲线为台13线的旧路，向东北可连络后龙镇丰富地区、造桥乡及竹南镇。
在县道、乡镇市道方面，除苗28线为苗栗市通往西湖乡的要道外，尚有苗26-2线、苗29线、苗34线、苗27线、苗39线等对外连络道路。
在国道长程客运方面，国光客运有“苗栗—中山高—台北线”、“苗栗—林口长庚—台北线”及“苗栗—北二高—台北（经中和中正路、板桥）线”；丰原客运、新竹客运则联营“苗栗—中山高—台中线”。
在平面道路中、短程客运方面，该市主要有苗栗客运、新竹客运等两家客运公司。
苗栗客运的主要营运范围在苗栗县的北部及西部地区，从苗栗市有向北及东北通往后龙镇、造桥乡、头屋乡、竹南镇、头份镇、三湾乡及南庄乡，并延伸至新竹市的各线班车；也有向西及西南通往西湖乡、通霄镇及苑里镇，并延伸到台中县大甲镇的各线班车。
新竹客运在苗栗县的主要营运范围包括苗栗县的西北部、中部及东南部。从苗栗市有向西北、西及西南通往后龙镇、西湖乡及通霄镇的各线班车；有向南、东南及东通往铜锣乡、三义乡、公馆乡、狮潭乡、大湖乡及卓兰镇，并延伸到台中县后里乡的各线班车。
苗栗市虽有后龙溪流经东部及北部边界，但该溪宽而浅，并无水运可言。但后龙溪上的几条大型桥梁为对外的交通要道，包括台13甲线的北势大桥、台13线的头屋大桥、苗27-1线的玉清大桥、苗26-2线的新东大桥、台6线的龟山大桥及高铁苗栗站联外道的新港大桥。
在市区道路方面，光复路从苗栗高商至南苗“三角公园”路段，为苗栗县最繁荣的“光复路商圈”。中正路从龟山大桥至苗栗市中华路交会口，是苗栗市著名的老街。
