河源市民政局内设多个职能科室，以高效服务社会和市民。
1. 办公室 负责机关日常运营，包括文电、会务、机要、档案管理等，并处理信息、安全、保密、信访、法规、政务公开等工作。它还负责行政后勤保障的协调，以及机关和直属单位的党务、人事、编制、工资、离退休人员服务等事务。
2. 优抚科 主要负责“三属”及复员退伍军人的抚恤、补助和优待，包括烈士追认、抚恤金发放、伤残军人管理、烈士纪念设施管理和复退军人稳定工作。
3. 双拥科 专注于拥军工作，协调军民关系，推动军民共建活动，安置牺牲病故部队家属和军队移交人员的接收安置，以及军地两用人才开发等。
4. 救灾科 负责救灾方案制定，协调灾害救援，灾情上报和物资管理，协助灾民安置和灾后恢复重建工作。
5. 社会救助科 制定社会救助政策，负责最低生活保障、医疗救助和临时救助等民生保障工作，指导农村敬老院建设，并监督资金使用。
6. 基层政权科 促进城乡基层政权建设，指导村（居）民自治，监督村务公开，参与社区建设和服务体系建设。
7. 区划地名科 负责行政区划和地名管理，审核和批准行政区划变动，以及边界争议的处理。
8. 社会福利科 制定社会福利规划，保护特殊群体权益，指导社会福利机构建设和福利彩票公益金管理。
9. 社会事务科 负责婚姻和殡葬管理，指导相关行业职业技能建设，以及流浪乞讨人员的救助工作。