南京大学的党委书记是洪银兴，他出生于1950年9月，汉族，江苏常州人，1968年12月参加工作，1970年10月加入中国共产党。洪书记持有经济学博士学位，是教授（1989）和博导（1993）。自2003年11月起担任南京大学的党委书记，同时担任国务院学位委员会理论经济学学科评议组成员、江苏省人大常委会委员等社会兼职，学术成就显著，曾获多项重要荣誉和称号。
校长是陈骏，出生于1954年11月，汉族，江苏扬州人。他拥有博士学历，教授职称，并在1985年获得矿床学博士学位。陈骏校长有着丰富的学术背景和管理经验，曾任南京大学地球科学系教授、副校长等职，2006年5月成为南京大学校长，同时担任全国人大常委等职务。
南京大学的领导班子还包括副校长程崇庆、潘毅、薛海林、杨忠、谈哲敏、吕建等。学校的历史上，曾有许多杰出的校长和党委书记，如缪荃孙、陈三立、李瑞清等，他们对学校的贡献不可忽视。
南京大学坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，学校前身上可溯至源于汉后吴永安元年（258年）的南京太学，历史上曾历经多次变迁，是中国第一所现代大学，中国现代科学的发祥地和现代儒家思想与中华文明复兴的基地，倡行人文思想之会通与学术之昌明以求世界的和平繁荣，在教育、学术和文化上均具重要贡献和深远影响。现为教育部直属全国重点综合性大学，国家“211工程”和“985工程”重点建设高校，是九校联盟成员，“珠峰计划”首批11所名校之一，为中国最顶尖的著名学府之一。