河南交通投资集团有限公司设有多个关键部门，承担着集团运营与管理的重任：
综合事务部：主要负责董事会、党政联席会和总经理办公会议的组织，以及机关事务、行政后勤、公文档案、信息宣传、法律事务、督办督导、信访保密等工作，指导下属单位相关工作。
投资发展部：制定集团的经营战略和发展规划，评估论证融资、资产重组、企业改制、对外投资等重大决策，同时管理集团股权。
财务管理部：负责财务、资产、审计制度的制定与监督，管理融资、预决算、资金等，审核二级子公司的年度计划和利润分配，负责集团资产管理及重大资产处置审批。
人力资源部：制定人力资源和目标考核制度，管理干部和机构，负责薪酬、人才引进以及人力资源监督，指导子公司人力资源管理工作和绩效考核。
营运管理部：负责集团总体经营计划，制订业务管理制度，进行经营分析和策略制定，监督子公司计划执行，负责安全生产和应急预案体系建设。
工程技术部：负责项目建设、运营维护的程序管理和质量技术监督，协调项目立项审批，对投资、质量和进度进行检查，指导项目验收和新技术推广。
党群工作部：负责集团党群工作制度的制定，负责党群组织建设、思想政治工作、精神文明创建和企业文化建设，指导企业内部党群活动。
纪检监察部：制定廉政建设规章制度，监督"三重一大"决策，负责党风廉政建设宣传，受理违纪问题举报，查处案件，维护集团和党员干部权益。