1、福利待遇区别
高校人事代理福利待遇差。
高校需要为人事代理人员数纳“五险一金”和人事代理费，相对增加了用人的成本，许多高校为减少用人成本，会降低代理人员的工资。
有的高校实施人事代理人员与同类在编人员同工同酬，但是扣除“五险一金”之后，实际收入还是低于同类在编人员，并且在生活补贴、子女入托、医疗保险等方面不能仿到与在编人员等同。
2、学历晋升区别：
高校人事代理学历晋升难。许多高校规定人事代理人员在聘期内不能脱产参加学历教育学习，不能服销攻读学位的相关用，甚至有的学校对人事代理人员晋升学历的诉求不予回应。
3、职称评聘区别。
高校的专任教师系列、研究员系列、辅导员系列等职称系列的职数数有限制，当面临某一系列职数紧时，高校往往优先考虑校内的在编人员，或对人事代理人员实行评聘分开制度，评而不聘，不能兑现相应的福利待遇。
4、职务晋升区别。
高校在培养和选拔干部时也更倾向于编制内人员，甚至某些岗位不允许人事代理人员参与竞岗，造成人事代理人员的职务晋升渠道不畅，个人发展前景不明朗，极大地挫伤了人事代理人员的工作积极性。
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