根据上述职责，市审计局设16个职能处室（局）： （一）办公室
组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、会务、财务、机要、档案、宣传、信访、保卫等工作；拟订审计工作规划；监督局所属单位的财务和国有资产；联系特约审计员。
（二）法规处
起草审计地方性法规、规章草案；审核审计专报；安排年度审计项目计划，负责统计工作；审理复核有关审计业务事项；承担局机关规范性文件的合法性审核工作；负责审计公告；办理审计移送和申请法院强制执行事项；承担局机关行政复议、行政应诉；负责组织聘请中介等工作。
（三）人事处
负责局机关和所属单位的人事管理、机构编制、教育培训和考核等工作；承办协管各区(市)审计机关负责人的有关事项；负责局机关离退休人员的管理服务工作，指导局所属单位离退休人员的管理服务工作。 （四）财政审计处
组织市级预算执行和其他财政收支情况审计；组织审计各区(市)人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况；负责起草同级预算执行审计报告和预算执行审计整改结果报告；开展相关专项审计调查；指导各区(市)审计机关财政审计业务。
（五）行政事业审计综合处
拟订行政事业单位审计工作计划并组织实施；综合行政事业审计工作情况；负责审计有关市级机关工作部门（单位）及其所属单位的财政财务收支；开展相关专项审计调查；指导各区(市)审计机关行政事业审计业务。
（六）行政事业审计一处
（七）行政事业审计二处
上述行政事业审计一处、二处分别负责审计有关市级机关工作部门（单位）及其所属单位的财政财务收支；开展相关专项审计调查。
（八）农业与资源环保审计处
负责审计市级主管部门和各区(市)人民政府管理的农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金；负责审计市级相关部门及其所属单位的财政财务收支；开展相关专项审计调查；指导各区(市)审计机关农业与资源环保审计业务。
（九）金融审计处
负责审计市属国有金融机构和市属国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查；指导各区(市)审计机关金融审计业务。
（十）企业审计综合处
拟订市属国有企业和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位企业审计工作计划并组织实施；综合企业审计工作情况；负责审计有关企业的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查；指导各区(市)审计机关企业审计业务；负责局绩效审计的组织、协调和指导工作；综合绩效审计工作情况；指导各区（市）审计机关绩效审计工作。
（十一）企业审计一处
（十二）企业审计二处
上述两处负责审计市属国有企业和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查。
（十三）社会保障审计处
负责审计市政府主管部门和各区(市)人民政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金、彩票公益金；负责审计市级相关部门及其所属单位的财政财务收支；开展相关专项审计调查；指导各区(市)审计机关社会保障审计业务。
（十四）外资运用审计处
负责审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支；组织审计市政府驻境外非经营性机构的财务收支；依法通过适当方式组织审计市属国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益；开展相关专项审计调查；指导各区(市)审计机关外资运用审计业务。
（十五）经济责任审计办公室
拟订全市经济责任审计的有关规定、办法；组织市管领导干部及依法属于市审计局审计监督对象的其他领导人员经济责任审计工作；负责起草领导干部经济责任审计结果公告；承担市经济责任审计工作联席会议的有关工作；指导各区(市)经济责任审计工作。
（十六）政府投资审计专业局(副局级)
组织审计政府投资和以政府投资为主的建设项目的概（预）算执行和决算；拟订投资审计工作计划并组织实施；综合投资审计工作情况；协调和指导投资审计业务工作。内设4个处：投资审计综合处、投资审计一处、投资审计二处、投资审计三处。
1.投资审计综合处
负责政府对投资项目概（预）算执行情况和决算以及与本级政府投资项目直接有关的建设、勘探、设计、施工、监理、采购、供货等单位财务收支的审计监督；实施政府投资项目预算、工程结算、竣工决算的审查和监督，审计监督政府投资项目工程招投标和国有资产移交；组织与政府投资项目有关的专项审计或审计调查，负责对聘请的社会审计机构工作人员进行日常管理；综合投资审计工作情况；指导各区(市)审计机关政府投资审计业务。
2.投资审计一处、投资审计二处、投资审计三处
分别负责政府对投资项目概（预）算执行情况和决算以及与本级政府投资项目直接有关的建设、勘探、设计、施工、监理、采购、供货等单位财务收支的审计监督；实施政府投资项目预算、工程结算、竣工决算的审查和监督，审计监督政府投资项目工程招投标和国有资产移交；组织与政府投资项目有关的专项审计或审计调查。
按规定设置机关党委。
