派出所结案的方式有两种情况：1、犯罪事实已经查清，案件侦查终结的，对于案件侦查终结的应当移送检察院审查起诉，最后由法院作出生效判决；2、公安机关撤销案件或者作出不立案决定，对于没有犯罪事实；或者犯罪情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的，应当撤销案件。
《公安机关办理行政案件的程序规定》第二百五十八条行政案件具有下列情形之一的，应当予以结案：（一）作出不予行政处罚决定的；（二）按照本规定第十章的规定达成调解、和解协议并已履行的；（三）作出行政处罚等处理决定，且已执行的；（四）违法行为涉嫌构成犯罪，转为刑事案件办理的；（五）作出处理决定后，因执行对象灭失、死亡等客观原因导致无法执行或者无需执行的。