吉木乃县公安局根据自治区公安厅机构改革方案，进行了内部机构的调整，以提高效率。全局设有11个主要部门，其中包括：
指挥中心：负责组织、指挥重大紧急警务活动，指导应急指挥体系，管理警察公共关系，研究社会治安，掌握全地区公安工作动态，并处理机要通讯和公安涉密网建设等工作。
政工室：作为公安政治工作的核心，负责人事、编制管理、警衔评定，队伍建设和政治工作的指导，以及教育培训和宣传等工作。
警务保障室：负责后勤保障、装备管理和经费管理，确保公安机关的后勤支持和财务安全。
纪检监察室（加挂督察大队）：负责警务督察和行政监察，监督公安机关及人员的职责履行和纪律遵守情况。
法制室：指导全局法制工作，负责法律建设规划，起草地方法规，法律审核，处理行政复议案件，指导执法活动和法制教育等。
监管大队：指导看守所和拘留所管理，负责监管技术和教育转化工作。
国内安全保卫大队（加挂出入境管理科）：负责国内社会政治稳定和国家安全，管理国籍和外国人管理事务。
治安大队：负责社会治安、人口管理和刑事执法，指导派出所工作。
网络安全保卫大队：专注于公共信息网络安全监察。
刑事侦察大队（加挂禁毒、经侦大队）：负责侦破刑事案件，预审犯罪嫌疑人，审查案件和起诉等。
交通警察管理大队：负责交通管理和安全教育，处理交通事故，办理车辆相关事宜。
派出所：负责制定工作计划，维护社区安全，处理报警和举报，进行特种行业管理和打击违法行为。
每个部门都有其特定职责，共同确保吉木乃县的公共安全和社会秩序。