中医理论是古代自然哲学形式的医学理论。它既非纯古代哲学理论，也非纯古代自然科学理论，而是古代哲学与古代自然科（医）学混而不分的一种模糊状态的理论，笔者简称为「自然哲学医学」理论。由于中医理论未达纯古代自然科学理论阶段，故笔者将其定位为「古代自然科学理论的初级阶段」。
自然哲学式的中医理论，是我国古代科学技术尚不发达时期的特殊产物。其原因在于，古代医家无法直接观察人体内部结构与功能之间的相互关系，只能采用观察他人和自我体察的方法从整体层面上了解人体生命活动从生理到病理、再从病理到生理变化过程的「外在现象」，然后通过「司外揣内」方法，透过现象看本质，来推测人体生命活动的整体功能规律。也就是说，古人对人体生命整体功能活动规律的把握和认识，是在长期的医疗实践观察中发现和逐步形成的。
正因为中医理论是有缺陷的「自然哲学式」的「模糊象理论」，所以，它的五脏子系统功能不可能直接与现代医学的五个内脏直接对接。只有将中医学概念从自然哲学层面剥离出来，建立起纯古代自然科学层面的中医理论这一桥梁，才能与现代医学理论对号入座。
中医学概念中也存在着诸多矛盾 李致重称，中西医理论都是成熟的理论，事实并非如此。实际上，两种理论都不成熟，都有很多的缺陷。许多疑难病症至今都没有很好的解决办法，就足以证明两种医学对于疾病的认识都还远远不到位。特别是中医理论自身还存在着诸多矛盾，如：仅命门学说就有多种说法，有脑命门和肾命门，而肾命门又有「右肾」、「两肾之间」、「肾间动气」等说法，至今无法统一。又如元气学说，至今对于原气、元气、真气、肾间动气、肾气等概念混而不分。因而，中医理论急需梳理、统一、提高和完善，这个过程就是中医理论的创新过程。
运用理论研究方法破解中医本质 从研究的理论性和经验（实践、实验）性区分，科学研究可分为理论和经验研究。医学中的经验性研究主要包括实验研究和临床研究。过去的半个多世纪里，我国主要采用实验方法研究中医理论，在某些局部问题的研究上取得一些进展，但在科学诠释中医理论本质的高难问题上并未获得实质性突破。「中西医不可通约论」就是在这种背景之下产生的。
笔者认为，对于中医理论这样复杂的体系来说，仅靠单纯的实验方法很难取得实质性突破。最佳方法就是采取理论研究方法为主导，进而有的放矢地指导实验研究，反过来再对理论研究成果进行验正。只有这样做，才能逐步破解和诠释中医理论的科学本质。
中医「证」与西医「病」的内在联系 「中西医不可通约论」将中西医看成是两种孤立的、互不联系的医学体系，实际上是因为没有认识到中医的「证」与西医的「病」之间存在着内在联系，实际上，「病」和「证」原本就是疾病的两种表现。笔者认为，疾病同时具有全身性功能紊乱和局部病灶两种相关的病理变化，其中前者是病理生理学改变，属于中医的「证」，后者是病理学改变，属于西医的「病」。由此可知，两种医学体系之间存在着十分密切的内在联系。
「中西医不可通约论」人为地把中医与西医隔离开来，认为现代科学诠释中医理论不可能，旨在阻断中医学与现代科学理论接轨，使中医理论无法从现代医学微观理论中吸收营养和创新。与此同时，否定了中西医理论层面的结合，并将中西医结合降格为低层次的中西医配合。这种观点是错误的，不利于我国中医药事业的发展。