根据本病的临床特点诊断并不困难。主要根据如下：①角膜后胚胎环的存在：是本病的典型特征，其表现为Schwalbe线的增厚突出和前移但本征并非在每个患者都表现出来。个别患者可无此角膜后胚胎环但具有其他眼部和全身的典型表现。值得注意的是此角膜后胚胎环也可出现在正常眼中，其发生率为8%～15%，表现为孤立的Schwalbe线突出前移，而不伴有其他的眼部改变。此外角膜后胚胎环偶尔可见于原发性先天性青光眼和虹膜角膜内皮综合征的患者②虹膜角膜角异常：其主要的特点是粗大的组织条带自周边虹膜跨越房角隐窝，与突出的Schwalbe线相连接而房角是开放的，但虹膜根部附着高位，巩膜嵴往往被掩盖，虹膜根部附于小梁网后面。③虹膜异常：主要表现为虹膜变薄、失去正常纹理、色素上皮层外翻、瞳孔变形多瞳孔和瞳孔膜闭等。④可伴有全身异常：主要为牙齿和面部发育缺陷；如牙齿缺损小牙、无牙；面中部扁平、上颌骨发育不全此外还可有其他全身异常。⑤继发性青光眼：50%以上的患者有继发性青光眼，以儿童期和青年期发病多见，但也有在婴幼儿期或中年期发病者。⑥双眼发病：绝大多数是双眼发病，极个别为单眼发病。⑦无性别差异。⑧本病有家族史。
根据以上特点可诊断本病但要注意并不是每一种变异都在1个人身上充分表现出来。即使在1个家族中同有几个成员患病，每个患者的眼部和全身异常的表现也可各不相同因此在做出诊断前应该注意与其他疾病鉴别。
鉴别诊断：
1.虹膜角膜内皮综合征(iridocorneal endothelial syndromeICE) 在ICE综合征，虹膜和虹膜角膜角的异常从临床和组织病理学上均与A-R综合征极为相似，这就使一些学者认为两种综合征都是一系列常见异常中的一部分，但临床表现可以区分为ICE的包括角膜内皮异常、单眼患病、无家族史、青年期发病。组织病理学方面，两种综合征的特点是有一膜在房角和虹膜表面，当膜收缩时可以形成许多不同的病变。但A-R综合征的膜是代表原始内皮细胞层的遗留物，而在ICE综合征则由于异常的角膜内皮增生所致。
2.角膜后部多形性营养不良(PPD) PPD与A-R综合征相似，均为先天性、双眼发病、常染色体显性遗传，多在成年期出现症状，可表现为虹膜萎缩及虹膜角膜角异常等。但PPD的不同点是角膜内皮层和后弹力层异常，裂隙灯显微镜下可见角膜后面呈泡状或囊状外观排列呈线状或簇状，由灰色模糊的晕轮环绕部分可见角膜基质和上皮水肿。
3.Peter异常(Peter anomaly) 此病为一系列异常包括角膜中央、虹膜及晶状体。因与A-R综合征有某些相似，曾同被包括在同一发育异常的分类中，但这两种病的发育异常不同。
4.无虹膜(aniridia) 在此种发育异常中，残留的虹膜及前房异常并伴有青光眼，会使一些患者与A-R综合征混淆。
5.先天性虹膜发育不良(congenital irishypoplasia) 仅为虹膜发育不良，无A-R综合征的房角或任何其他异常。但可以伴有青少年青光眼及常染色体显性遗传者。
6.眼齿指发育不良(oculodentodigitaldysplasia) 在本症中牙发育不良与A-R综合征相同，偶可见轻度虹膜基质发育不良、角膜缺陷小眼球及青光眼 。
7.晶状体与瞳孔异位(ectopia lentis etpupillae) 为常染色体隐性遗传病。双眼晶状体及瞳孔异位，这两种组织均很典型地向对侧方向移位瞳孔异位与A-R综合征相似但无虹膜角膜角的发育缺陷为其不同处。
