抗战胜利后，孔瑞云率部队到热河，1945年11月编入热辽纵队二十七旅，任副政委，参加了承德保卫战。在解放战争时期，长期转战于辽西、建昌一带，为解放建昌，清剿土匪，巩固壮大辽西、热东革命根据地作出了贡献。
1946年3月，冀热辽分局为了统一辽西地区(含锦州、锦西、绥中、朝阳、凌源等十几个县)武装斗争的指挥和行动，在凌源县刀尔登百牛群组建了辽西支队，下辖3个大队。孔瑞云任辽西支队司令员，刘江亭任副司令员，刘南生任政治委员， 吕炳安任副政治委员，韩怀智（后为刘士彬）任参谋长。
1946年3月14日，孔瑞云率辽西支队东进建东县大屯，与中共辽西工委书记刘南生会合，同时召开了支队大队长以上干部会议。会议决定，为打击敌人气焰，扩大影响，必须主动出击，首战必胜，震敌胆、振民心。
1946年3月18日，在孔瑞云指挥下，刘江亭率一大队奔袭锦西虹螺蚬国民党据点，消灭敌军和土匪100多人，缴长短枪40多支，震撼了锦州的城市与乡村。继之，令三大队奔袭北宁线，攻占山海关与绥中之间的前卫火车站，消灭守敌铁路交警一个中队，毙敌6人、俘敌34人，缴获轻重机枪3挺，步枪、卡宾枪20多支，一度中断了北宁线的交通。
在攻打凌源以南黑山科、毛杖子的惯匪“九江龙”战斗中，辽西支队二大队副队长房杨达率两个连，与敌激战，消灭土匪60多人、击毙20多人，缴获部分武器和军用物资。几次战斗的胜利，为开辟辽西地区革命根据地，发展武装斗争打下了良好的基础。新开辟了30多个行政区(含游击区)，控制了辽西地区近500平方公里的地域，有30多万基本群众，组织了800多人的武装游击队，建立了县、区、乡各级人民政权。
1946年8月，为了东北战场的形势需要，孔瑞云奉命率一、三大队和二大队一个连，先后配合主力部队参加了解放朝阳、北票、建平和宁城等十几次战斗。8月5日，孔瑞云率部消灭赤峰败退到叶柏寿的国民党九十三军二十二师师部和两个团，与敌激战16个小时，歼敌500余人，缴获装满弹药的汽车7辆、吉普车l辆、大车30余辆。10月15日，孔瑞云率辽西支队参加了解放建昌的战斗。辽西支队、热东独立团担任主攻，南北夹击。经过十几个小时的战斗，建昌城被占领。辽西支队在司令员孔瑞云、政治委员吕炳安的指挥下，战斗打响后不到一个小时就消灭了南门外的敌人，占领了南营子，歼敌一部，阻敌多次突围，固守了阵地，与参战部队一起歼敌东北保安四支队1400余人、生俘四支队副司令员罗兴光及部下700多人，缴获武器装备甚多，受到冀察热军区的通令嘉奖。同年11月，孔瑞云率辽西支队参加了粉碎敌十二师对辽西地区的“围剿”进攻，指挥了梨树沟门、杜家屯等地战斗，歼敌800余人，缴获六○炮4门、迫击炮2门，各种枪支100多支，鼓舞了辽西地区人民的斗志和我军的士气。继之又率队参加、指挥了第一、二次杨家杖子战斗，九关台门战斗，解放黑山、朝阳、锦州的战斗和辽西围歼战，受到中央军委和东北总部的嘉奖。
辽西支队于1947年4月编为独立十八旅，孔瑞云任五十二团团长。同年8月1日编入东北民主联军第八纵队任二十四师副师长。
八纵成立后，曾在10月于金岭寺以南打援，尔后转到外线作战。以孔瑞云为司令员的辽西支队，对开辟辽西地区根据地、巩固扩大热东革命根据地，乃至对热河、东北地区我军作战给予了有力的支持和配合，立下了战功，做出了贡献。
