《红旗》杂志是在党中央、毛主席的直接关怀、具体指导下创办的。早在1955年1月，党的七届六中全会上，毛主席就指出各省市要办好刊物。1958年1月，毛主席在南宁会议上正式提出创办中央理论刊物的问题。这年3月，创办中央理论刊物的决策在成都会议上被具体化。在1958年5月召开的党的八届五中全会上，毛主席作出创办刊物的正式决定，并定名为《红旗》 。
当中央酝酿创办刊物时，一些同志请毛主席为刊物起名字。主席说，还是走群众路线，让大家一起来寻个好名字。有关单位就发动大家提名，汇集上报。毛主席从中圈定了《红旗》这一名字，并经中央全会确认。
毛主席还为《红旗》题写刊头二十余幅，他给《红旗》总编辑陈伯达的信中说：“报头写了几张，请审核，如不能用，再试写。”他在题字旁还注有说明：“拟可用”、“这种写法是从红绸舞来的，画红旗”。编辑部从中选了两字作为正式刊头，这就是至今仍为大家广为认知、众口称赞的“红旗”二字。
中央同时还决定成立《红旗》杂志编委会。编委会第一次会议于1958年5月24日在中南海居仁堂由邓小平同志主持召开。编委共36名，由中央有关部门，各省、市、自治区和部队中理论水平高、写作能力强的同志，以及宣传理论系统的负责人、党内学术理论专家组成。其中邓力群、田家英、李友九、陈伯达、胡绳为常任编辑，陈伯达为总编辑。
这次会议也发生了一个小插曲，由于工作人员的疏忽，通知了两个李达开会，武汉大学校长“文”李达是编委，与总参的副总长 “武”李达重名。 “武”李达到会后发现不对要退席，小平同志说，既然来了，就坐下听听吧。这个大编委会由于成员分散在全国各地，各人的工作繁重，会议召集困难，以后再未开过。因此，1959年中央决定在《红旗》内部成立一个编委会，由总编辑、副总编辑以及4位编委组成，主持《红旗》的日常工作。
《红旗》创刊号于1958年6月1日出版。发刊词由胡绳执笔，经毛主席、邓小平同志审定。同期发表了毛主席的文章《介绍一个合作社》。此后，毛主席一直关注《红旗》的工作，经常向《红旗》推荐文章，对一些稿件还作了精心修改。 1958年8月，陆定一写了一篇题为《教育必须与生产劳动相结合》的文章，送毛主席审阅，主席前后看了好几次，每次都提出修改意见，有时自己动手作重要修改。
1958年8月22日，他在给陆定一的信中说：“在教育史部分，应批评凯洛夫、斯大林，对中苏都有益。中国教育史有好的一面，应当说到，否则不全。你看如何？”他特意在陆定一的稿件上加写了这样一段话：“中国教育史有人民性的一面。孔子的有教无类，孟子的民贵君轻，荀子的人定胜天，屈原的批判君恶，司马迁的颂扬反抗，王充、范缜、柳宗元、张载、王夫之的古代唯物论，关汉卿、施耐庵、吴承恩、曹雪芹的民众文学，孙中山的民主革命，诸人情况不同，许多人并无教育专著，然而上举那些，不能不影响对人民的教育，谈中国教育史，应当提到他们。”
毛主席对儿童的全面发展也作了精彩补充：“儿童时期需要发展身体，这种发展是要健全的。儿童时期需要发展共产主义的情操、风格和集体英雄主义的气概，就是我们时代的德育。二者都同从事劳动有关，所以教育与劳动结合的原则是不可移易的。总结以上所说,我们所主张的全面发展是要使学生发展健全的身体，发展共产主义的道德。”对此文他特批:“登 《红旗》，题目特大，全文尽量用较大字型。”同时，还代《红旗》写了编辑部按语。
毛主席还为《红旗》编辑部写过约稿信。他从《光明日报》上看到哈尔滨工业大学机械系同志写的有关机位设计的文章，很感兴趣，便给作者写信请他们再写一篇更详细的文章，以《红旗》编辑部名义发出。这对 红旗》工作人员来说深感亲切又备受鼓舞。
《红旗》杂志的 “三面红旗”
在《红旗》头几年的版面上，经常出现几个作者的名字，引人注目。一个是写国际评论的于兆力，一个是写思想文化评论的施东向，一个是写经济评论的许辛学。后来人们才慢慢知道，这原来是三个集体笔名。
“于兆力”是由乔冠华、姚臻、王力组成，各取自己名字中的一个字或字的一部分。他们都参与中央有关国际问题的研究及文件起草工作，对国际情况、国际问题比较熟悉，又了解中央精神，具有很高的权威性，很受欢迎和重视。
“施东向”是以副总编辑胡绳为首，中央政治研究室王忍之、丁伟志、郑惠等同志参加的写作小组的笔名。“施东向”即取自《思想界动态》这份内部刊物刊名的谐音。他们以渊博的知识、高度的理论修养、充满文采的写作技巧，写出了影响很大、很受欢迎的思想文化评论文章。
“许辛学”是由“虚心学”演化而来，由副总编辑邓力群牵头，梅行、马洪参加的写作小组笔名。他们都是中央有关经济问题会议的参加者和经济文件的起草者，所写的文章能够对有关问题进行透彻分析，使中央精神得到最快的传达，对经济工作起到了很强的指导作用。
有人开玩笑说，全国有“三面红旗”，《红旗》杂志也有“三面红旗”，指的就是这三个集体写作班子。
1960年9月，《毛泽东选集》第四卷出版，这是我国思想政治生活的一件大事。《选集》收集了毛泽东在第三次国内战争时期的70篇文章，《红旗》把学习和宣传 “毛选”四卷作为工作重点全面展开。 1960年第19期 《红旗》在刊登《毛泽东选集》第四卷介绍的同时，围绕中央确定宣传重点，发表了社论《在战略上藐视敌人，在战术上重视敌人》，即突出敢于斗争、敢于胜利、善于斗争、善于胜利的思想。
社论对此作了全面具体的论述，并指出这是克敌制胜的根本法则。第20-21期合刊上，刊出编辑部文章《中国人民革命胜利经验的基本总结》，重点介绍了毛泽东如何坚持马列主义有关国家机器的观点、建设人民民主专政的思想。此文刊发前曾送毛主席审阅，他认为写得很好，并作了一些修改。
