王灿晖教授致力于温病学理论和实践的研究与探索，精确地阐明了温病的概念，明确界定了温病的内涵和外延；分析温病的病因实质，阐发其重要的临床意义；提炼出分时论病、区别类型，辨湿辨热、分清属性，明确病位、分析病机，动态观察、识别传变，掌握阶段、判断预后等温病诊断辨病识证的基本思路；深刻阐发了温病治疗基本原则，即强调祛邪为首要任务，注重辨病与辨证结合，讲究治法运用的灵活变化，重视方药的特殊功能，从而进一步充实和发展了温病学的理论体系。同时，王氏对于临床运用温病卫气营血和三焦辨证理论颇多独到见解和心得，强调除了要掌握卫气营血和三焦证候特点作为辨别证候的客观依据外，还应充分注重病变的阶段、病位重心、传变趋势、兼夹证候等环节，进行综合分析与辨析才能全面、深入地认清卫气营血和三焦证候本质，准确把握其变化特点和发展转归，从而更有针对性地指导立法处方用药。
王氏临床工作40余年，对于外感热病和内伤杂病的诊治均积累了丰富的经验，形成了颇具特色的学术思想体系，取得了较为显著的临床疗效。善于以中医脏腑气血及寒热虚实为核心理论对疾病进行总体分析，根据临床具体情况，灵活选择各种辨证体系，各取所长，不持成见，理顺局部和整体关系，分清标本、轻重、缓急；详察兼证夹证，区别新疾宿恙。把握重点，照顾全面，据证制方灵活化裁，形成了一整套科学的临床思维程式和严密的辨证推理方法。主张外感热病与内伤杂病在辨治上应互相渗透贯通。认为温病蕴热化毒、伤阴动风、酿痰致瘀等与杂病病机有共通之处；温病之清热解毒、凉血化瘀、滋阴熄风、清心开窍等治法同样可广泛应用于内伤杂病的治疗。同理，内伤杂病脏腑病机学说、气血津液病机学说也可作为温病辨证的理论基础，并经实践检验证实，这样既有利于开拓温病辨证思路，又能有效地指导临床治疗。强调辨证施治为中医治病之一的同时，主张临床诊病须明确西医诊断，弄清疾病在各个阶段的关键病理环节，正确分析其病理演变趋势，在此基础上再进行辨证施治，方能使中医治疗更加准确无误，有的放矢。这样寓辨证于辨病、辨病又结合辨证，两者有机结合，统一治疗，显著提高了临床疗效。治病用药，深解先贤制方之理，师古而不泥古，加减灵活，进退有度，得心应手。
同时善于结合实践经验，创制疗效卓著的新方和效方。如创制的具有透邪泄热，清气解毒之功的“清气解毒汤”，治疗病毒感染性高热颇为灵验；而有行气豁痰、活血通瘀之功的“舒心消痛汤”，则对于冠心病心肌梗塞、心绞痛有殊效。对于病毒性高热、老年性痴呆、糖尿病、慢性胃炎、急慢性肾炎、病毒性肝炎等病均有独到诊疗经验和方法，得到同行专家很高评价和后学的学习效法。
