舟山港综合保税区，规划面积达5.85平方公里，由本岛分区和衢山分区组成。本岛分区聚焦于高端制造业，特别是海洋装备制造业、海洋生物产业和电子信息产业，致力于先进制造业和仓储物流、进出口贸易的发展。而衢山分区则以大宗商品仓储、配送为主，有望成为中国重要的煤炭、矿石、油品仓储和中转中心。
舟山港地理位置优越，位于南北海运大通道和长江黄金水道交汇点，是江海联运的关键节点。2011年，舟山港域的货物吞吐量达到2.6亿吨，位居中国十大港口之列。新设立的综合保税区将成为浙江海洋经济发展的核心区域，同时也是舟山群岛新区的主要功能板块。
在未来的规划中，保税区将涵盖保税加工业、物流业、仓储物流贸易、航运服务业和保险金融业等多元化产业。特别是船舶和海洋工程交易租赁、国际进口商品展示交易以及大宗商品保税交易三大市场，将被重点培育和发展。
为确保综保区建设顺利进行，舟山市将根据规划研究，制定详细的控制性规划和港口岸线利用、基础设施配套、产业发展等相关专项规划，并细致规划土地置换、征用及政策处理工作。浙江省副省长、舟山市委书记梁黎明强调，舟山港综合保税区将充分挖掘其区位优势和功能政策，大力发展海洋经济，打造现代海洋产业基地、重要的进口商品基地和大宗商品国际物流配送中心，成为我国连接环太平洋经济圈的重要门户。
舟山港综合保税区总规划面积为5.85平方公里，分本岛分区和衢山分区。其中本岛分区主要功能定位为以海洋装备制造业、海洋生物产业、电子信息产业等先进制造业及仓储物流、进出口贸易为主；衢山分区则重点发展煤炭、矿石、油品等大宗商品的仓储、配送业务，将成为我国重要的大宗商品仓储、中转基地。