1.危害
真菌分为有益真菌和有害真菌。绝大多数对人有益，如酿造工业和生产抗生素、维生素、酶制剂等。但少数真菌对人有致病性。如皮肤廯菌、白色念珠菌等。
细菌既可能有害也可能有益，取决于细菌种类，有益的如肠道细菌和益生菌，有害细菌感染包括霍乱，肺结核，莱姆病，沙门氏菌，葡萄球菌感染，链球菌性喉炎，麻风，破伤风。
2.名称组成不同，尽管在细菌和真菌的名称中都有一个菌字，但细菌的名称中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼，只有乳酸菌例外（实为乳酸杆菌）；而真菌名称中则不含有。
3.细胞大小不同， 原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm； 真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm。
4.增殖方式不同，细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。
5.细胞结构不同， 细菌和真菌都具有细胞结构，属于细胞型生物，在它们的细胞结构中都具有细胞壁、细胞膜、细胞质，但却存在诸多不同，具体表现在：
a、是细胞壁的成分不同：细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。
b、是细胞质中的细胞器组成不同：细菌只有核糖体一种细胞器；而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
c、是细菌没有成形的细胞核，只有拟核；真菌具有。
d、是细菌没有染色体，其DNA分子单独存在；真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体（染色质）。
本回答被网友采纳一、生物类型的不同
1、细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物
2、真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。 细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物； 真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物（如食用菌、霉菌等）。
二、细胞结构不同
1、细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖；细菌只有核糖体一种细胞器；细菌没有成形的细胞核，只有拟核；细菌没有染色体，其DNA分子单独存在
2、真菌细胞壁的主要成分是几丁质。真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器；真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体（染色质）。
三、细胞大小不同
1、原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm。
2、真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm。
四、增殖方式不同
1、细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂。
2、真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。
五、名称组成不同
1、细菌的名称中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼，只有乳酸菌例外（实为乳酸杆菌）
2、而真菌名称中则不含有 这些字眼。
参考资料来源：百度百科-细菌
参考资料来源：百度百科-真菌
本回答被网友采纳真菌形态结构
真菌形态分单细胞和多细胞两类；单细胞真菌主要为酵母和类酵母菌（如隐球菌、念珠菌）呈圆形或椭圆形。多细胞真菌由菌丝和孢子组成，菌丝分枝交织成团形成菌丝体（Mycelium），并长有各种孢子，这类真菌即一般称为霉菌（Mold)。
真菌细胞结构比细菌复杂，细胞壁缺乏构成细菌胞壁的肽聚糖，其坚韧性，主要依赖于多聚N-乙酰基葡萄糖构成的甲壳质(Chitin)。并含葡聚糖，甘露聚糖及蛋白质，某些酵母菌还含类脂体。细胞内有较为典型的核结构和细胞器。
细菌的结构
细菌虽小，仍具有一定的细胞结构和功能。细胞壁、细胞膜、细胞质和核质等各种细菌都有，是细菌的基本结构；荚膜、鞭毛、菌毛、芽胞仅某些细菌具有，为其特殊结构。
一、细菌的基本结构
细胞壁 细胞壁（cell wall）位于菌细胞的最外层，包绕在细胞膜的周围。是一种膜状结构， 组成较复杂， 并随不同细菌而异。 用革兰染色法可将细菌分为两大类，即革兰阳性菌和革兰阴性菌。两类细菌细胞壁的共有组分为肽聚糖，但各自有其特殊组分。
参考资料：http://www.foodmate.net/lesson/47/1.php
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