上海儿童医学中心以其全面的科室设置为儿童健康提供了全方位的保障。该中心设有内科、血液肿瘤科，专注于儿童的血液疾病治疗；心血管内科则关注儿童的心血管健康。发育与行为科（儿童保健科）则在儿童生长发育和行为健康方面发挥重要作用。
外科和骨科为儿童的外科手术需求提供了专业支持，包括心胸外科，致力于解决复杂的儿童心脏和胸腔问题。麻醉科确保手术过程中的安全，眼科和五官科则关注儿童的视力和五官健康，口腔科则提供牙齿和口腔保健服务。皮肤科和中医科则针对儿童的皮肤和传统中医诊疗需求提供专业服务。
在辅助检查方面，影像诊断中心和实验诊断中心为疾病的诊断提供了先进的技术支持。药剂科则确保儿童用药的安全和有效。此外，特诊部专为儿童的特殊疾病和复杂病例提供诊疗服务，其与上海儿童医院、上海新华医院儿科和中国儿童医学研究中心附属上海鸿慈儿童医院的合作，显著提升了特需和疑难病门诊的诊疗水平，为儿童解决疑难杂症提供了有力支持。
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心是上海市人民政府与美国世界健康基金会（Project HOPE）的合作建设项目。医院坐落于浦东东方路上，是一所集医疗、科研、教学于一体的儿科医院，占地100亩，总建筑面积6万多平方米，核定病床500张，拥有一流的楼宇自动化设备和完备的医疗保障设施，担负着上海和全国各地患病儿童以及来华外籍人士子女的医疗工作。