1997年，成立钦州市工商行政管理局钦州港分局，是钦州市工商行政管理局的派出机构，负责组织实施钦州港经济开发区的工商行政管理工作。1998年，有管理人员14人。2001年，工商机构改革，工商行政管理机关代管的市场开发服务中心及其主办、联办的各类市场移交当地政府，与工商行政管理部门脱钩。是年，钦州市工商局钦州港分局在编公务员8人。2002年，分局内设机构更为政秘科、监管与执法股、登记注册股3个科股。至2010年，在编人员11人。分局内设人秘股、登记注册股、监管与执法股3个职能股室。
1997年以前工商登记由钦南区工商行政管理辖。1998年，钦州港登记在册的工商户103户，私营企业3家。2000年，有个体工商户355户，工业企业20户，从业人员589人(其中个体户441人，企业户148人)，注册资金1 521.6万元(其中个体户224万元，企业户1 297.6万元)。其中从事批发零售贸易、餐饮业的个体工商户占总数的80%，服务业占16%，制造业占4%。2002年12月底，工商登记的个体工商户475户，私营企业22户。比2000年新增个体户120户，企业户21户。个体工商户从业人员562人，比2000年增加121人，企业从业人员421人。注册资金达4 707.23万元，其中个体户286.73万元，企业户4 420.5万元。
2003—2009年，钦州港个体经济呈直线发展趋势，其主要是港区的商业网点由起初钦州港市场周边的商业逐渐向四面扩展。随着港区城区的框架拉大，房地产开发所建的铺面、步行街、地下商场、居民永久房的回建等，各项商业的门面由钦州港市场为中心向钦州港大道、兴港路、逸仙路、勒沟西大街临街延申，以及向东港区片发展。7年间新增登记注册个体工商户共1505户，平均年增215户，其中2008、2009年新增数额最大，分别为776户和305户，后两年新增户数是前5年的2.55倍；新增私营企业493户，平均年增70多户，2008和2009年新增最多，其中2009年新增277户，是2003—2007年5年新增总和的2.43倍。2009年钦州港区个体工商户已发展到1 920户，从业人员发展到3 126人，注册资金达到4 927万元；私营企业发展到277户，注册资金达到35 075万元，投资人数达到432人，从业人员达到2 545人。
2010年5月，个体工商户发展到1 989户(新发展154户)，从业人员3 109人，注册资金达5 720万元；私营企业发展到323户(新发展40户)，注册资金达41 501万元。是年底，钦州港区的个体工商已户发展到2 006户，本年度发展了359户，比上年增长22%，从业人员发展到3 917人，比上年增长38%，注册资金达到6 699万元，比上年增长36%；私营企业发展到348户，其中，当年新发展 72户，比上年 增长26%，注册资金达到44 329万元，其中新增注册资金8 264万元，同比增长26%，从业人员达到2 536人，比上年增长28%。
