李顺鹏的学术生涯始于1963年，他在南京农业大学土化系开始了本科阶段的学习，这一阶段持续至1968年。之后，他将专业知识应用于实践，成为了新疆阿克陶县农科所所长，同时担任阿克陶县科委副主任，从1968年至1981年。
1981年，李顺鹏回到了南京农业大学，开始了他的教学生涯。他先是在资环学院担任讲师，随后晋升为副教授，并在1995年成为微生物教研室主任。这一职位他一直坚守，直至1997年，他进一步提升为教授，同时继续担任教研室主任。1997年至2001年，他的学术地位再次提升，成为南京农业大学资环学院的博导，继续引领微生物领域的教学与研究。
在海外学术交流方面，李顺鹏也积累了丰富的经验。1988年至1989年，他分别在加州大学Davis分校的生化系和美国密歇根州立大学进行了访问学者的学习。1998年至1999年，他又远赴日本东京日本大学的生物资源科学部进行学习。2001年至2002年，他又一次走出国门，成为香港浸会大学生物学系的访问学者。
至今，李顺鹏在南京农业大学生命科学学院担任教授及博导，同时担任微生物学科点的负责人，他的学术道路持续且充满影响力。