分子进化，简称molecular evolution，是生物进化历程中不可或缺的一部分。它探讨的是生命大分子，如前生命物质、蛋白质分子和核酸分子，以及细胞器和遗传机制（如遗传密码）如何随时间演变。通过研究这些分子的变迁，科学家得以揭示生物进化的历史轨迹，并借此深入理解驱动进化过程的基本机制。
分子进化的概念有着广义的解读。首先，它涵盖了生命起源的早期阶段，即从无生命状态到原始生命形式的化学演化过程。这一阶段的分子变化为理解生命起源提供了关键线索。其次，当生命体在后续的进化过程中，分子进化主要关注生物大分子结构和功能的改变，以及这些改变如何与生物体的演化相适应。这就是我们通常所说的现代分子进化，它紧密联系着生物的生存和繁衍策略。
总的来说，分子进化是生物学研究中一个至关重要的领域，它通过解析分子层面的变化，为我们揭示生命世界中的演化奥秘，为我们理解生物多样性以及生物适应环境的能力提供了科学依据。
分子进化（molecularevolution），生物进化过程中生物大分子的演变现象。主要包括蛋白质分子的演变、核酸分子的演变和遗传密码的演变。