对于输尿管肿瘤的治疗，首要原则是尽早实施肾、输尿管和膀胱的袖状切除手术。这种手术能够直接切除肿瘤区域，以期达到根治的效果。然而，如果患者对侧的肾脏功能不佳，无法承受大范围手术，或者肿瘤为单发的乳头状肿瘤，可以选择局部肿瘤切除并保留肾脏的策略。手术后，定期的复查是必不可少的，以监测病情进展。
对于良性肿瘤，局部切除是一个可行且常见的治疗手段，通常能够取得良好的疗效。在药物治疗方面，抗生素主要在手术前后用于预防或控制可能发生的感染。术前使用抗生素可以降低感染的风险，术后如有感染迹象，也会针对性地使用，以确保患者的康复和恢复过程的顺利进行。
输尿管肿瘤按肿瘤性质可分为良性和恶性。良性输尿管肿瘤如息肉、恶性肿瘤如移行细胞癌、移行细胞合并鳞状上皮癌，粘液癌等。