员工被辞退，用人单位规章制度规定要扣年终奖的，年终奖会被扣。年终奖由用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益在规章制度中制定，企业员工辞职有无年终奖由用人单位规章制度决定，法律无明确规定。但劳动者辞职，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资，不得克扣或者拖欠。
《中华人民共和国劳动法》
第四十七条
用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
《工资支付暂行规定》
第十七条
用人单位应根据本规定，通过与职工大会、职工代表大会或者其他形式协商制定内部的工资支付制度，并告知本单位全体劳动者，同时抄报当地劳动行政部门备案。