以器具或身体部位处罚学生，造成客观上的身心伤害即为体罚。
台湾在民国九十五年（2006年）修正《教育基本法》，通过“校园零体罚条款”，禁止教师体罚学生。 国中教师在平等、比例与保密的原则下有管教、辅导学生的义务，但如果在客观上造成学生身心伤害，就属于《学校订定教师辅导与管教学生办法注意事项》所定义的体罚。举例来说，用任何物品鞭打学生、处罚半蹲、恶意的肢体接触或长时间罚站都算是体罚，善意的肢体接触、罚写作业、劳动服务、静坐和不超过一节课的罚站则不算是体罚，而是正当的管教措施。
根据教育部在民国九十七年（2008年）针对国中生做的统计调查显示，台湾25个县市在当年度1至2月的体罚平均值为15.8%，也就是每1,000个国中生中就有158个曾被体罚。84.4%的国中生从未被体罚过，曾被体罚过1－2次的国中生有12.2%，每天被体罚的不到1%。以县市计，全台湾有10个县市高于总平均值，前三名分别为嘉义县、彰化县和屏东县。体罚的原因中以“考试成绩不佳”为最大宗，其次是“作业未交”和“未遵守校规”等理由。
国中教师在教学上拥有专业自主权，也具有管教和惩戒学生的义务，但“学生因体罚成伤”不在法律定义的管教范围内，教师若体罚学生，就可能构成伤害罪。尤其国中教师在《刑法》上具有公务员身份，触犯伤害罪时可加重其刑。但体罚的必要性、管教权范围和“零体罚”政策的成效在台湾依然是个持续争论中的议题，以人本教育文教基金会为首的团体认为应全面废除体罚，但也有教师和家长认为轻微、非重大伤害性的体罚是管教的合理手段。无论如何，体罚在台湾依然是被禁止的行为，教师在管教时应依循善意、平等、比例、保密等原则，不能逾越教育分际，对学生的身体或心灵造成伤害。 在校园中，性犯罪依对象可分为教师对学生、学生对学生、学生对教师和陌生人对师生四种类型，其中以学生对学生的性犯罪最为常见。 根据教育部统计处的数据显示，民国一百年（2012年）时总共有399件性侵害案发生在国中校园内，其中354件受害者为女性，41件受害者为男性。另外，当年度共有915件国中性骚扰案，其中761件受害者为女性，125件受害者为男性。无论是性侵害还是性骚扰案件，加害者都以同学为主，其次是教师和行政人员。
依《性别平等教育法》第9条规定，国民中学校内应设有5－21人的性别平等教育委员会（简称性平会）处理性侵害、性骚扰或性霸凌案件，性平会负有通报、调查、保密和行政处分的权力与义务，其成员应包含专家学者、教师代表和家长代表，且女性委员占性平会委员的比例不能低于。学校必须在得知事件后24小时内通报地方政府教育局处，得知的方式包括接获检举、主动发现和媒体报道等。相关人员超过24小时未通报，让性侵害事件重演的话，校长、教师或行政人员可被解聘或免职，负起行政责任。
国中生的年龄大多介于12岁到15岁之间，因此受到《儿童及少年福利法》的保护。加害者如果是教师或行政人员，依法可加重其刑，判刑确定后还可以褫夺教权，永不录用。但加害者如果是同学，由于尚未成年，刑责可被减免，只须交付保护管束。政府和学校对性犯罪受害人有提供咨商、法律、学业和经济协助的责任，也有惩戒、辅导加害学生，预防再犯的权力与义务。 台湾虽然没有调查校园霸凌在国中的盛行率，但民众普遍认为霸凌行为常存于校园之中。校园霸凌具有长期、重复、地位不对等，而且隐密的特质，国中生受到霸凌时比国小生更不会求助于成人，反而会求助于同学。这是因为国中生正处于青春期，成人对青少年的影响力和约束力不像对儿童那么深，因此相对渴望能获得同侪认同。但被霸凌的国中生常受到人际孤立，很难从同侪身上获得支持，长期下来可能导致忧郁症或自卑，甚至出现报复性霸凌，从受害者转为加害者。
霸凌现象长期存在于国中校园，这不只是学校的问题，也是家庭与社会的问题。以民国九十九年（2010年）底桃园县立八德国民中学爆发一连串校园霸凌事件为例，不只学生遭霸凌，连教师都是校园霸凌下的直接受害者，造成数十位教师向立委罗淑蕾陈情，事件才在立法院质询现场公开。事件爆发后教育部和桃园县教育局成为众矢之的，八德国中校长于家谷也遭撤换，改由督学代理校务。2011年4月，台湾监察院以督导不周、延误通报、漏报校产为由，对八德国中和桃园县教育局提出纠正案，整起事件才告一段落。
再以民国一百年（2011年）3月间发生的新竹霸凌事件为例，该事件又呈现不同面向。这次事件的爆发是因为加害者将犯行录影放到互联网上，更突显网络在霸凌中所扮演的角色。随着台湾网络普及化，2000年代后常发生霸凌加害者将犯行拍下上传到网络的事件，对被害人造成二度伤害。网络普及让网络也成为霸凌的攻击媒介之一，称为网络霸凌，而且有逐渐增加趋势。
依教育部在民国一百年（2011年）所通过的《防制校园霸凌执行计划》，教育部和地方政府教育局处都设有24小时免付费反霸凌投诉专线，学生或一般民众可透过这些专线举报霸凌事件。各校接获举报后应立即进行评估，确认属实后由校长召开辅导会议，对受害者和加害者进行咨商辅导，必要时可转送专业咨商机构、医院或司法单位。国中的霸凌加害者虽然大多未成年，但仍需负不完全的刑事或民事责任，刑罚可以减轻或交付保护管束，以预防再度犯案。 国中校园在上课时门禁森严，外人出入必须抵押证件。图为台北市立民生国民中学校门旁的警卫室。
台湾在民国九十九年（2010年）时共有11,102个少年嫌疑犯，其中9,365位为男性，1,737位为女性。少年嫌疑犯指的是犯案时未满18岁的嫌疑犯，年龄约介于12－18岁。以案件别计，少年嫌疑犯以偷窃（4,086人）被捕最多，其次为伤害（1,228人）、毒品（1,213人）、妨害性自主（677人）和公共危险（638人）等罪嫌。 以受理警政机关来说，新北市（1,878人）受理最多少年嫌疑犯案件，其次是高雄市（1,211人）和台北市（1,136人）。
国民中学的校园治安主要由训导处和校警维护，校警受地方警察局监督，负责校内师生安全，与学校的门禁防护。青少年犯罪中，校园帮派是其中之一，有11%的国中生会担心帮派入侵，而帮派少年加入帮派的年龄大多介于12－15岁，正好就是国中阶段。将近一半的少年加入帮派后会感到后悔，但帮派活动充满玩乐和犯罪，容易使这些少年产生偏差行为。
青少年犯罪的成因众多，但主要和家庭结构不良、对学校的依赖性不足有关。有犯罪前科的国中生大多也有中辍和逃家经验，他们在初期会出现一些轻度的偏差行为，例如抽烟、喝酒和飙车，为了预防，警政署也加强到国中校园作法治教育。家庭部份由社福单位介入，而学校部份则由中途教育设施提供适性教育，以避免青少年犯罪再度发生。 中途辍学指的是国中和国小学生未经请假、无故3日以上不到校，这样的学生称为中途辍学生，简称中辍生。一百零一学年度（2012年8月－2013年7月）时台湾一共有5,621个国中中辍生，中辍率为0.55%，辍学状况比国小要严重很多（689人、0.04%）。国民中学若发现学生辍学，应立即通报地方政府，地方政府再通报教育部和强迫入学委员会，最后由教育部将学生资料送往内政部警政署协寻。学生若因贫穷或家庭变故而无法上学，则适用社会福利救助，政府需指派社工人员前往访视。中辍生复学后会被列为认辅对象，或转介至提供适合中辍生就学的中途教育设施，提供适性教育。
台湾目前有102所“零拒绝”中介教育设施，依收容方向不同分为资源式中途班、慈辉班、合作中途班和中途学校。这些设施可以由地方政府办理，但也常和非营利组织合作。中辍生在中介设施就学时，他们在一般学校的学籍会被保留，以免被标签化。台湾的中途教育设施收容的对象经常是被法院转介过来的个案，但中途教育设施本身常面临经费不足、社区排挤和流动性高的问题，因此多采县市分区收容的方式，强化营运效能。 2011年爆发多所国中校长涉入营养午餐弊案，外界因此质疑国中校长的专业能力及品德操守，2012年立委提案修改国民教育法，凡国中校长在两任任期、八年届满后，强制回任阳春教师二年。部分家长有能力却找借口不帮孩子缴午餐费，分食补助资源，也是增加政府负担。含有瘦肉精肉品如果供应给学校的营养午餐，正在发育的国中女学生食用后，可能影响卵巢功能。
