在1880年大赦以后工人运动复兴的形势下写成的《萌芽》（1885），表现了左拉对于社会政治问题的更强烈的兴趣。正如他在写作提纲中所说，这部作品写的是“雇佣劳动的崛起”和“资本与劳动的斗争”。小说以一个矿区为背景，描写了法国产业工人的生活和斗争，反映了少数工人的消沉和多数工人的奋进，而以一次大规模罢工和军警的血腥镇压作为高潮。这是他在法国文学史乃至世界文学史上，第一次比较成功地在长篇小说中塑造了革命的无产者的形象。《萌芽》是左拉的现实主义达到最高成就的一部杰作。
长篇小说《崩溃》（1892）描述普法战争中法军在色当之役的惨败，并把这一历史事实表现为以前各卷中所描写的社会恶性发展的必然结果，从而完成了整个第二帝国的社会史。