南宁市信访局内部设有多个科室，各司其职，为市民提供高效的服务。首先，办公室主要负责机关的文秘、人事、会务等工作，包括档案管理、保密、保卫等事务，协助局领导处理日常行政工作，并承担干部培训、党务和纪检监察相关职责。
其次，督查调研科负责处理上级交办的信访事项，进行专项督查和调研，收集和分析信访信息，指导县区和部门的信访工作，同时负责工作经验交流。
在处理来信方面，办信科主要负责中央和自治区转办的人民来信，以及市委、市政府领导交办的信件和电子邮件。他们负责统计来信数据，通报情况并指导县区部门的办信工作。
接访科则是接待群众来访的窗口，负责处理群众反映的问题，处理集体上访和突发事件，同时负责领导接访日的安排，通报来访情况，并协助处理越级上访事件。
最后，市长公开电话受理办公室负责接听市长热线，接收电话反映的问题，转办领导批示，管理公共服务呼叫中心的日常业务，确保市民投诉和建议得到及时处理。