在清代，坤宁宫被赋予了新的用途，成为了皇室进行祭神活动的重要场所。满族文化中，对神明和祖先的崇敬是核心价值，因此，每年在坤宁宫举行的祭祀活动对于清朝皇室而言具有深远意义。按照满族传统，住房布局独特，坤宁宫西端四间被改建，专供祭祀之用，尤其是在重要的庆典和新年，皇后会在那里举行庆祝仪式。
自顺治十二年起，坤宁宫的功能进一步明确，不仅是祭祀之地，还是皇帝大婚时的新房。新登基的皇帝会在那里停留两日，然后移居其他宫殿。然而，值得注意的是，大部分皇后并非在坤宁宫长住，如顺治帝的废后、孝惠章皇后，康熙帝的两位皇后等，她们多数在东西六宫有自己的专属宫殿。例如，孝敬宪皇后在体顺堂，孝贤皇后曾居住在长春宫，而孝淑睿皇后则在毓庆宫等。
坤宁宫是北京故宫内廷后三宫之一，坤宁宫在交泰殿后面，始建于明朝永乐十八年(1420年)，正德九年(1514年)、万历二十四年(1596年)两次毁于火，万历三十三年(1605年)重建。清沿明制于顺治二年(1645年)重修，十二年(1655年)仿盛京沈阳清宁宫再次重修。嘉庆二年(1797年)乾清宫失火，延烧此殿前檐，三年(1798年)重修。乾清宫代表阳性，坤宁宫代表阴性，以表示阴阳结合，天地合壁之意。