退役后，斯塔诺耶维奇回到OFK贝尔格莱德，先后担任球队青年队教练和一线队助理教练。2006年，他首次成为一线队主教练，执教塞甲球队斯雷姆。之后，他又辅助米洛斯拉夫·久基奇，先后担任贝尔格莱德游击队和塞尔维亚国家队的助理教练。2008年9月3日，斯塔诺耶维奇成为塞尔维亚U-19国家队的教练，并率领球队在乌克兰进行的2009年欧洲U-19足球锦标赛获得第三名。
2010年4月15日，贝尔格莱德游击队主教练戈兰·斯蒂万诺维奇因球队在塞尔维亚杯半决赛的糟糕表现而引咎辞职，一天后斯塔诺耶维奇被任命为球队的新任主教练。36岁的斯塔诺耶维奇成为游击队历史上最年轻的主帅。 斯塔诺耶维奇率领球队在联赛剩余七轮比赛全部获胜，其中包括和贝尔格莱德红星的德比战。贝尔格莱德游击队顺利卫冕2009/10赛季塞超联赛冠军。球队在2010/11欧洲冠军联赛外围赛及附加赛中表现出色，顺利进入小组赛，他因此成为第一个率领塞尔维亚俱乐部进入欧冠联赛小组赛的塞尔维亚教练。2010/11赛季，斯塔诺耶维奇带领游击队成为联赛和杯赛双冠王。2011年5月，斯蒂万诺维奇和游击队续约两年。
虽然贝尔格莱德游击队在2011/12赛季开局不顺，未能进入欧洲冠军联赛或欧足联欧洲联赛正赛，但球队在联赛中依然一骑绝尘，半程联赛过后领先积分榜第二名球队10分。在联赛冬歇期，游击队主席德拉甘·久里奇认为球队足球主管姆拉登·克尔斯塔伊奇和斯塔诺耶维奇应该为球队在欧洲赛场的糟糕表现负责。对此，克尔斯塔伊奇在媒体上进行反击，认为他和斯塔诺耶维奇不能全权负责球队夏季转会市场的交易，而转会市场的失败最终导致球队在欧洲赛场的糟糕表现。斯塔诺耶维奇进行响应，声明如果球队解雇克尔斯塔伊奇，他也将会辞职。 但克尔斯塔伊奇在离开球队后，仍然建议斯塔诺耶维奇留在球队，并称他是塞尔维亚最好的教练。 2012年1月6日，斯塔诺耶维奇宣布他将继续留在球队。 但是，游击队董事会却在1月13日宣布解雇斯塔诺耶维奇，并聘请前切尔西主帅格兰特担任球队主教练。此外，游击队还拒绝斯塔诺耶维奇在次日于球队主场召开离职的记者招待会，但球迷纷纷在聚集在球队主场门口，对此次换帅表示强烈抗议。 大连阿尔滨俱乐部于2012年4月3日宣布韩籍主教练张外龙辞职后，2012年4月4日又宣布聘请塞尔维亚人亚历山大·斯塔诺耶维奇为球队新任主教练，亚历山大·斯塔诺耶维奇当天开始接手球队的训练工作。
根据斯塔诺耶维奇的要求，他跟阿尔滨俱乐部的合同分成两个部分，一部分是到年底，也就是本年度赛季结束，如果他能够成功率领球队保级的话，那么合约自动延续两年。如果球队不能够保级的话，那么合约将会在赛季结束后自动终止。
斯塔诺耶维奇注重战术训练的现场运用，善于分析对手，研究细节，强调团队配合。塞尔维亚媒体提前披露，双方在经历了10天的谈判之后，终于达成一致，斯塔诺耶维奇的薪酬将高达80万欧元。
2012年11月9日，亚历山大·斯塔诺耶维奇辞去大连阿尔滨队主帅一职。 2012年11月28日16点56分，北京国安俱乐部通过官方微博宣布，与塞尔维亚籍主帅斯塔诺耶维奇达成一致，斯塔诺将正式成为北京国安队主教练。
国安俱乐部在微博声明中表示：“日前，北京国安足球俱乐部总经理高潮、副总经理魏克兴在荷兰与斯塔诺耶维奇先生就其执教国安一事进行了洽谈。期间，斯塔诺提出了2013赛季前具体的冬训计划以及下一赛季队伍内外援引进、技战术打法等设想。与此同时，双方就主教练的相关合同条款细节达成共识，斯塔诺计划在国安冬训集中时与球队会合。” 2015年1月12日下午，北控俱乐部正式召开发布会宣布新赛季的主教练人选——刚刚离开北京一年的塞尔维亚人亚历山大·斯塔诺耶维奇将在新赛季成为北京北控队的主教练，率领球队征战新赛季的中甲联赛。 赛季 俱乐部 场次 胜 平 负 联赛等级 球队进球 球队失球 净胜球 参加比赛 2013 北京国安 26 10 9 6 1 43 29 14 中超，足协杯，亚冠 2012 大连阿尔滨 26 11 8 7 1 46 40 6 中超，足协杯
