自"十五"以来，中国人民解放军第一军医大学在科学研究方面取得了显著成就。学校累计承担了1593项各类课题，获得了总额高达3.12亿元的纵向课题经费支持。在国家级重大项目上，学校主持了2项"973"课题和12项国家自然科学基金重点项目。
在科研成果方面，该校表现亮眼，作为第一完成单位，曾荣获国家技术发明二等奖1项，以及国家科技进步二等奖，其中自"九五"以来共有11项。此外，省级及以上的科技成果一等奖更是达到了21项。自2000年以来，学校有5项科研成果7次被列入国家年度科技十大新闻，体现了其在科技领域的广泛影响。
在学术排名上，该校在2004年至2006年间，在全国高校论文发表影响力中分别位列第24名、26名和32名，显示出其科研实力的不断提升。特别是在2006年，侯凡凡教授的原创论文在国际顶级医学期刊《新英格兰医学杂志》发表，这篇论文的影响力因子高达51.296，被美国内科学年报评为2006年最重要的14项内科学研究进展之一，这无疑是学校科研水平的一个重要里程碑。
中国人民解放军第一军医大学是南方医科大学的前身，创建于1951年，1979年被确定为全国重点大学，2004年被批准为全国8所试办八年制医学教育的高等院校之一，2004年8月按照国务院、中央军委下达的命令，整体移交广东省，更名为南方医科大学。现有校本部、南校区、顺德校区等3个校区，占地面积176.68万平方米，建筑面积85.41万平方米。面向全国31个省、自治区、直辖市及港澳地区招生。