近五年来，生物工程学院承担并圆满完成了多项国家、省、部级科研课题以及多项对外服务项目，如国家“十五”重点攻关项目“粮库储粮霉菌监测技术的研究与开发（2004BA520A19）”、“十五”期间完成的重点工程“500亿kg中央储备粮库建设”、国家863引导项目“FM00-188谷氨酸高产酸菌种选育（2003AA001029）”、国家自然科学基金项目“皮革类大分子的结构与性能（20174037）”、河南省杰出青年科学基金项目“嗜酸乳杆菌亚油酸异构酶的分离纯化、性质及酶基因克隆研究（04120001800）”、“L-精氨酸高产酸菌种选育（03120002600）”，河南省杰出科研人才创新工程项目“嗜酸乳杆菌亚油酸异构酶基因的克隆及重组表达研究（2006KYCX008）、温敏型谷氨酸新菌种新工艺研究（0321001200）”等；获省级科技进步奖6项，部级科技进步三等奖4项；获国家发明专利、实用新型专利13项；在国内外学术刊物上发表论文380余篇，被SCI、EI收录5篇，有39篇论文获得河南省自然科学优秀论文奖；出版专著10部。
教师们在开展科学研究的同时，还积极将科研服务于教学。2007～2008学年，学生毕业论文题目来源于科研项目的比例达29.60%。我院教师研制出的储粮微生物快速检测仪、设计改造的小型锤片粉碎机等连续多年用于本科生的实验教学，所编写的《粮油食品微生物学》一直作为我校以及兄弟院校相关专业的本科生教材或参考书。学院还与河南省科学院生物研究所和多家企业建立了院所和院企协作关系，努力为地方经济建设提供技术和人才支持。
新时期，生物工程学院人将一如既往、继续努力，在本科教学、人才培养、科学研究、对外合作与交流等方面提高水平、凝练品牌、和谐发展、开拓创新，更好地为国家和地方经济建设服务。
