美国海军太平洋舰队与大西洋对一样，下辖4大舰种司令部，包括水面部队司令部，航空部队司令部、潜艇部队司令部和舰队陆战队司令部，主要负责所属舰种部队的行政管理与战备训练，其中只有潜艇部队司令部有作战指挥权。
太平洋舰队水面部队司令部驻地为美国西海岸的圣迭戈海军基地，下辖6万兵力，装备水面舰艇190余艘，其中包括12艘提康德罗加级导弹巡洋舰、26艘伯克级导弹驱逐舰、15艘佩里级导弹护卫舰、6艘黄蜂级和塔拉瓦级两栖攻击舰、6艘惠德贝岛级船坞登陆舰、5艘奥斯丁级两栖船坞运输舰、2艘指挥舰、2艘复仇者级反水雷舰、4艘鹗鸟级海岸猎雷舰以及巡逻艇和后勤辅助舰船等，母港主要设在美国本土圣迭戈、埃菲雷特、不雷默顿、夏威夷珍珠港、关岛阿普拉港和日本横须贺、佐世保海军基地等。太平洋舰队水面部队编成6个舰艇大队，包括第1、3、5水面舰艇大队、中太平洋水面舰艇大队和第1、3两栖，每个水面舰艇大队直辖2-3艘导弹巡洋舰和1-2个驱逐舰中队。第1两栖大队驻日本佐世保；辖1个两栖舰中队；第3两栖大队下辖5个两栖舰中队。
太平洋舰队航空部队司令部
太平洋舰队是世界上第一个拥有航空兵的舰队，驻地圣迭戈北岛海航站，辖6艘空母舰和16个航空联队，总计5万兵力。6艘航空母舰分别为尼米兹号、卡尔 文森号、林肯号、斯坦尼斯号、里根5艘核动力航母和小鹰号1艘常规动力航母。16个航空联队分别为5个舰载机联队、2个岸基巡逻侦察机联队、战斗机联队、战斗攻击机联队、预警机联队、战略通信机联队、电子战机联队、反潜机联队、反潜直升机联队、轻型反潜直升机和战术直升机联队，总共79个飞行中队、1600架各型飞机。
太平洋舰队拥有4大潜艇基地:夏威夷珍珠港、加利福尼亚的圣迭戈、华盛顿班戈以及关岛基地。潜艇部队司令部驻珍珠港,现役1.6万兵力,拥有10艘俄亥俄战略弹道导弹核潜艇、26艘洛杉矶级攻击型核潜艇和1艘潜艇供应舰，共编成1、5、7、9潜艇大队和2个直属潜艇中队。其中，第1潜艇大队驻圣迭戈，负责新型潜艇和潜艇武器的开发研究；第5潜艇大队驻圣迭戈，辖第3、11潜艇中队；第7潜艇大队驻关岛阿普拉海军基地，辖15潜艇中队；第9潜艇大队驻班戈核潜艇基地，该潜艇大队大队是美国重要的战略核打击力量，配备10艘俄亥俄级战略弹道导弹核潜艇，战时直属美国战略司令部指挥。第1、7潜艇中队直属潜艇部队司令部领导，驻夏威夷珍珠港海军基地。
美国海军陆战队下属太平洋舰队陆战队和大西洋陆战队，在行政上归海军陆战队司令部领导,在作战上归两洋舰队指挥。太平洋陆战队司令部成立于1944年，首任司令为史密斯陆军上将，在当时拥有50万兵力，包括6个加强师，1955年司令部驻地正是迁移至夏威夷。现有兵力9万人，辖第1、3陆战队远征军。其中，第1军驻圣迭戈，下辖第1陆战师、第3陆战航空联队、第1部队勤务支援大队和第1陆战远征旅；第3军驻日本冲绳，下辖第3陆战师、第1陆战队航空联队、第3部队勤务支援大队和第3陆战远征旅。
三大作战舰队
美国太平洋舰队拥有三大舰队，即第3、5、7舰队。其中第3舰队负责东太平洋海区的海上作战，第5舰队负责中东地区海上作战，第7舰队负责西太平洋和印度洋地区的海上作战，每个舰队均辖9—10个特混舰队，分别担负机动作战、指挥控制，侦查巡航、两栖作战、登陆作战、反潜作战、后勤支援、潜艇作战等任务。
第7舰队司令部驻日本横须贺，舰队常驻基地横须贺、佐世保、关岛、迪戈加西亚，舰队旗舰蓝岭号两栖指挥舰，下辖
第70特混舰队（机动作战部队）、
第71特混舰队（指挥控制部队）
第72特混舰队（侦察巡逻部队）
第73特混舰队（后勤部队）
第74特混舰队（潜艇部队）
第75特混舰队（水面部队）
第76特混舰队（两栖部队）
第77特混舰队（航母部队）
第79特混舰队（登陆部队）
第5舰队司令部驻巴林麦纳麦，是美国海军唯一一个没有常驻兵力和专门旗舰的舰队，所属兵力由驻本土和夏威夷部队轮换执勤。
第3舰队司令部加利福利亚圣迭戈海军基地，舰队旗舰为科罗拉多号指挥舰，下辖
第30特混舰队（机动作战部队）、
第31特混舰队（战斗支援部队）、
第32特混舰队（侦察巡逻部队）、
第33特混舰队（后勤部队）、
第34特混舰队（潜艇部队）、
第35特混舰队（水面部队）、
第36特混舰队（两栖部队）、
第37特混舰队（航母攻击部队）、
第39特混舰队（登陆部队）。
