山东杏林科技职业学院的院系设置丰富多样，以满足不同领域的专业需求。首先，医学院成立于1998年，是学院的重点学院，主要致力于培养应用型医学人才，包括高等护理、口腔技工、药学和康复医学等专业。这些专业均为国家技能型紧缺人才专业，为医疗卫生行业提供了广泛的就业机会。学院设有高职和对口高职教育，拥有一支100多名教师队伍，其中中级以上教师占70%，双师型教师占比4%。实验中心和16个实验（训）室为实践教学提供了坚实的基础，强调理论与实践的结合，注重培养学生的实践能力，为医学教育和升本创造了有利条件。
信息工程学院则聚焦于信息产业，培养计算机应用技术、网络技术、信息管理等相关领域的技术人才，包括计算机应用及维护、网络技术等五个专业方向。学院拥有一支包括26名专职教师和18名兼职教师的教师团队，高级职称教师占比30%，并配备了一系列先进的实验设备，为教学和实习实验提供支持。实验室开放给学生进行自主探索和研究，同时对其他学院提供实验实习保障，促进多学科交叉学习。
商学院致力于培养商业、经管、财贸和金融领域的专科、本科和高职人才，开设有市场营销、投资与理财和房地产经营与估价等专业，注重培养应用性和创业型人才。商学院师资力量雄厚，教授和副教授占比超过85%，强调特色教育和创新，以培养适应市场和社会需求的多元化人才。
建筑工程学院和人文学院分别培养建筑应用型人才和人文艺术类人才，广告设计与制作、建筑施工与监理、建筑装饰工程设计和广告设计与制作等专业为学生提供了实际工作经验。外语学院则以应用英语专业为核心，设有经贸英语、幼儿英语教育和旅游英语三个专业方向，通过一流的语音室设备和国际交流活动，提升学生的口语听力和翻译技能。
山东杏林科技职业学院创建于 1992 年，是经山东省政府批准、教育部备案成为全日制民办普通高等职业院校。随着我国高等职业教育改革的不断深入，国家对民办教育发展的大力支持，该院优化教育资源，积极调整专业结构，扩大办学规模，并加大投入，增强综合办学实力。经过多年的办学实践，该院由原来的以单科医学为主发展成为多学科、多专业的高等职业院校。