安徽医科大学第二附属医院的领导班子由两位重要成员组成，他们是
党委书记都鹏飞，出生于1957年，安徽桐城人，持有中共党员身份。他是一名儿科主任医师和教授，拥有硕士学位，1982年毕业于安徽医科大学医学专业。在医疗领域，都书记担任安徽省医院感染管理专业委员会的主任委员，同时也是安徽省儿科学会的副主任委员，参与编辑《疾病控制杂志》、《临床护理杂志》和《实用全科医学杂志》。他发表的专业学术论文超过50篇，著作有10余部，曾荣获安徽省科技进步奖三等奖和四等奖各一项，以及安徽省教育厅科研成果三等奖。在医院管理、医疗质量管理及感染管理方面，他具有丰富的专业知识和实践经验，尤其擅长小儿心血管疾病的诊治。
院长张新书，1953年出生于安徽淮南，同样为中共党员。他是一名超声医学诊断科主任医师和教授，博士生导师。1982年，他毕业于安徽医科大学临床医学本科专业，专注于超声诊断工作已超过20年。在职务上，张院长不仅担任安徽医科大学第二附属医院的院长，还兼任党委副书记。他担任安徽省医学会超声医学分会的主任委员，以及安徽省超声医学工程学会的会长，同时在中国超声医学工程学会担任常务理事，并在《中国超声医学杂志》担任编委。他在国内发表了40多篇专业论文，参与编写了《超声心动图实时图谱》，并主持了省级科研课题《家族性腱黄瘤的超声观察研究》，指导研究生进行《体表超声在贲门癌外科治疗方案选择中的价值》等课题研究。
安徽医科大学第二附属医院是经安徽省政府批准新建的一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等多功能于一体的非营利性、三级甲等现代化综合性教学医院，也是该省改革开放30年来投资兴建的规模最大的医疗机构。 医院运用全新的设计理念和全新的管理模式，旨在提供全新的就医环境和新型优质的医疗服务。安医大二附院将以社会效益为最高准则，以更安全、更便捷、更规范为管理目标，围绕人性化服务的宗旨和品牌经营的理念，高起点发展，高标准要求，将不断创新作为团队内趋力，为每一位患者奉献出最优质、高效的健康服务。