包括北京大学、清华大学、复旦大学、上海交通大学、南京大学、浙江大学、中国科学技术大学、哈尔滨工业大学、西安交通大学共9所高校。从成立伊始，九校联盟就固定了每年一届的研讨制度，并签署了人才培养与交流协议。
1、北京大学创立于1898年维新变法之际，初名京师大学堂，是中国近现代第一所国立综合性大学，创办之初也是国家最高教育行政机关。
2、复旦大学（FudanUniversity），位于上海市，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，学校前身是1905年创办的复旦公学，是中国最早由民间自主创办的高等学校之一。
3、上海交通大学（ShanghaiJiaoTongUniversity）简称“上海交大”，是教育部直属并与上海市共建，学校创建于1896年，原名南洋公学，1911年更名为南洋大学堂，1929年更名为国立交通大学，1949年更名为交通大学；
4、南京大学，简称“南大”，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，其前身是创建于1902年的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。
5、浙江大学（ZhejiangUniversity），简称“浙大”，是中华人民共和国教育部直属的综合性全国重点大学，学校前身是创立于1897年求是书院，为中国人自己最早创办的新式高等学校之一，1928年定名国立浙江大学。