民事判决一般不否认交通事故证明，但如果交通责任事故证明确实有问题，经双方质证后，法院将否认交通责任证明。交通事故证书作为处理交通事故的证据，应具有证据的基本特征，即客观性、相关性和合法性。因此，审查和判断交通事故证书是证据使用的必然要求。根据交通事故司法解释的有关规定，人民法院应当依法审查并确认公安机关交通管理部门制作的交通事故认定书的相应证明力，但有相反证据推翻的除外。因此，民事判决一般不否认交通事故认定书的有效性，但有相反证据可以推翻的除外。
《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第二十七条