独著、合著与主编著作9部，主要有：
《现代德育理论与实践研究》、
《教育学教材教法研究》、
《人的本质．素质．素质教育》、
《中国师范教育改革与发展研究》 、
《现代教育学新论》
《现代德育理论与实践研究》专著由于反思性、理论性、实践性和现实针对性较强，我国著名教育学家北京师范大学教授、博士生导师孙喜亭先生为此欣然作序， 给予高度评价。孙喜亭先生认为：该书“对我国当代的德育理论与实践进行了较为深入的反思与研究”，并“围绕基础教育改革与发展中比较突出的学校德育问题，从理论层面进行了深入的研究，又从实践层面进行了全面反思”，“以巨大的理论勇气，在论述中对我国比较权威的德育论专家和德育学著作提出了质疑，并阐述了自己颇为新颖的见解”，“作者大量地引用了马克思主义经典作家、中国古代德育思想家、古希腊哲学家和伦理思想家以近现代西方道德教育家等关于德育的一些观点和言论，并作了十分深入的理论分析。同时，作者还往往运用哲学、逻辑学、词源学等的跨学科的知识与理论分析德育的一系列重要概念，使德育理论研究中关于概念的分析上升到科学与规范的高度”，全书“逻辑严谨”，“语言表达生动明快，从容自如，明晰畅达”，“给人以清风拂面的感觉”，“这些，无不显示出作者较好的学术功底、宽泛而扎实的理论基础以及跨学科的知识结构。”此外，北京师范大学教授、博士生导师毛亚庆先生也为此在《教育科学研究》杂志2005年第8期上刊发了《德育研究的探索与思考——读冯文全专著<现代德育理论与实践研究>有感》的书评文章 ，阐述了论著的诸多理论创新与特色，国内部分博士生培养单位把该书列为博士生必读学术著作。2006年人大复印资料《教育学》第3期的专栏文章对其在德育方面的研究成果作了重点点评与介绍，从而在全国产生了广泛的影响。
《现代教师论》（合著），西南师范大学出版社，1994年12月版。
《现代教育学》（参编），西南师范大学出版社，1995年1月版。
《教育学》（主编），西南师范大学出版社，1998年8月版。
《建设有中国特色的高等教育理论与实践》（参编），四川人民出版社1999年9月版。
《中国师范教育改革与发展研究》（合著），广西师范大学出版社2001年7月版。
《人的本质·素质·素质教育》（合著），四川人民出版社2001年4月版。
《教育学教材教法研究》（合著），四川人民出版社2002年4月版。
《教育学》（主编），电子科技大学出版社2004年8月版。
《现代德育理论与实践研究》（专著），四川人民出版社2005年1月版。
《现代教育学新论》，主编，电子科技大学出版社2007年出版。
《机遇与挑战——四川素质教育新探索》，（合著），四川大学出版社2006年4月出版。
