甘谷县教体局按照其职能划分设定了四个主要职能股（室），以确保高效运行和管理。
首先，办公室主要负责综合协调，包括撰写工作计划、总结和综合性文件；负责政治业务学习、宣传教育和精神文明建设；处理文书、档案管理、印信保密和安全事务；处理人大意见、政协提案，并负责督察信息和法制教育与执法检查；同时，他们还负责会议组织和接待工作。
其次，政工股专注于教师队伍建设，制定中长期规划，分配派遣师范毕业生；负责学校领导班子建设与考核，提出干部任用建议；管理教师队伍、中小学校长培训、师德教育以及职称改革等事务，还负责表彰优秀教师和教育工作。
教育股主要职责是贯彻教育法规，制定实施办法，监督基础教育执行，推动素质教育；管理中小学德育、体育、卫生和艺术教育，指导语言文字工作和安全教育；并管理社会力量举办的基础教育学校，负责职业技术与成人教育。
最后，计财股负责财务管理，执行预算，监督收支，确保资金合理使用；编制教育事业计划，筹集教育经费，负责教育专项申报和审计监督；管理基建项目，进行财务审计，并负责工程项目的全过程管理和资金使用审查。
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