黑龙江北大荒农业股份有限公司的设立源于其独家发起人——黑龙江北大荒农垦集团总公司。以发起设立的形式，该集团将其旗下的16家农场中与种植业相关的资产与负债，以及浩良河化肥厂的尿素生产相关资产与负债，作为公司的初始投入。这些资产在1998年6月30日的评估基准日被确认，净资产总额为148,096.09万元。按照79%的折股比例，折合成国家股共计116,996万股。
中国证监会批准了公司发行境外上市外资股，计划发行72,450万股。然而，1998年12月15日，公司通过了香港联合交易所的上市聆讯后，随即在全球多个市场，包括新加坡、英国、美国和香港等进行了路演。然而，不幸的是，期间发生了亚洲金融危机，导致香港股市在公司路演期间（1999年1月10日至23日）大幅下滑，恒生指数下跌了896点，H股指数更是下降了24%。这一市场动荡使得公司的H股发行未能按原计划进行。
尽管面临困难，本公司在2002年3月13日成功地采用了网上累计投标询价发行的方式，发行了30,000万股人民币普通股。这一举措使公司注册资本增加至146,996万元，标志着公司发展的一个重要里程碑。
黑龙江北大荒农业股份有限公司（以下简称公司）是黑龙江北大荒农垦集团总公司独家发起，将其下属的友谊、宝泉岭、八五四、八五九等十六家农场和浩良河化肥厂的优质资产进行重组，经国家经贸委（国经贸企改1998775号）批准设立的股份公司。公司于1998 年11月27日在黑龙江省工商行政管理局注册登记，注册资本146,996万元。2002年3月29日北大荒农业股份有限公司带着质朴而鲜明的现代化大农业特征走进中国资本市场。