主要区别是，性质不同、特点不同、应用不同，具体如下：
一、性质不同
1、转基因技术
转基因技术是指利用DNA重组、转化等技术将特定的外源目的基因转移到受体生物中，并使之产生可预期的、定向的遗传改变。
2、基因工程
基因工程又称基因拼接技术和DNA重组技术，是以分子遗传学为理论基础，以分子生物学和微生物学的现代方法为手段，将不同来源的基因按预先设计的蓝图，在体外构建杂种DNA分子，然后导入活细胞，以改变生物原有的遗传特性、获得新品种、生产新产品的遗传技术。
二、特点不同
1、转基因技术
优点：
①、食品质量得到改善：转基因产品具有一定的抗逆性，部分生物属性得到加强，提高了食品的口感质量和营养价值，且某些具有抗虫性的植物不仅减少了农药的使用量，还可以保证食品表面无毒无公害，不会在人体内造成农药积累。
②、在环境保护方面有显著成效：我国种植的转基因水稻具有抗虫性、抗旱性、抗盐碱性，使得农药的使用量降低，并且种植转基因水稻所存在的负面影响可能远远小于种植非转基因作物。
缺点：
①、 食品安全问题：转基因产品给人们带来巨大的经济效益和社会效益的同时，对人类健康的威胁也不能忽视。首先，作物基因的改变可能会引起非期望效应，新引入的蛋白可能具有毒性或者过敏性问题，转基因作物里面的抗生素标记基因可能会导致抗生素治疗失效。
②、 转基因产品对生态环境的影响：转基因生物的基因会向自然生物群落流动，例如转抗除草剂的基因可能逃逸到杂草上，使杂草产生超级抗杂草剂性，这不但会增加清除这种杂草的难度，而且这种生物间基因的相互转移，有可能影响到物种间的公平竞争关系，破坏原有的生态平衡，从而使原有的某些优势物种转为劣势甚至灭绝。
③、对生物多样性的影响：转基因生物在为人类带来便利的同时也破坏了自然遗传进化规律，其在抑制有害生物正常生长的同时可能也会对有益生物造成影响或者使其灭绝。
2、基因工程
基因工程最突出的优点是打破了常规育种难以突破的物种之间的界限，可以使原核生物与真核生物之间、动物与植物之间，甚至人与其他生物之间的遗传信息进行重组和转移。人的基因可以转移到大肠杆菌中表达，细菌的基因可以转移到植物中表达。
三、应用不同
1、转基因技术
转基因技术广泛应用于医药、工业、农业、环保等领域。
2、基因工程
运用基因工程技术，不但可以培养优质、高产、抗性好的农作物及畜、禽新品种，还可以培养出具有特殊用途的动、植物。
参考资料来源：百度百科-转基因技术
参考资料来源：百度百科-基因工程
转基因技术是基因工程的一种手段和方法
转基因技术∈基因工程本回答被提问者采纳
还不够清楚啊？？
人为改造基因的过程都可以叫基因工程
其中我们常用转基因技术，比如把某种植物产生的酶的基因转移到大肠杆菌细胞内，让大肠杆菌表达这种酶。