1.按照现行的联行操作规程，基层央行联行来、往账密押编制、复核存在“一手清”现象，中央银行联行业务面临较大风险。按照现行的联行制度，是由联行柜经办人员保管使用联行印模，联行复核人员保管、使用密押机。对于手工联行来账和代理解付的银行汇票，密押是否相符完全由联行复核人员一个人说了算，只要他说密押相符，联行经办、事后监督，甚至会计主管都无从考证。可见单从手工联行业务的内控制度执行情况来看，基本上不存在联行经办员与联行复核员之间的相互制约，中央银行联行资金面临较大风险。
2.部分基层央行联行工作人员责任心不强，操作不规范，联行往账差错时有发生。联行往账差错主要有以下两种类型：一是电汇凭证中填写的收报行或汇入行名、行号有误，造成联行往账差错。这主要是由全国大额支付和小额支付上线后，目前全国支付行号变动较为频繁。客户由于不能及时了解行号变动情况，在电汇凭证上填制了错误的收报行或汇入行，造成联行往账差错，联行资金形成潜在风险。二是收款人名称、账号有误，造成联行往账差错。一方面，客户在金融机构填写电汇原始凭证时字迹潦草或使用繁体字，使得联行经办、复核人员在填制汇转清单上填制了错误的收款人账号或户名；另一方面是由于目前的大额支付系统具有自动记忆收、付款人名称功能，对于再次录入的收、付款人账号可以自动跳出上次录入的名称，并且只要求联行录入人员录入收款人、付款人名称，复核人只需复核录入收款人、付款人账号，收、付款人名称的核对完全靠电子联行复核人员自觉核对。部分基层央行联行复核人员责任心不强，只复核录入账号不核对户名，致使电子联行往账账号、户名不符的情况时有发生，联行资金虽已划入客户指定的金融机构，却因要素有误，造成联行资金迂回停滞，甚至被误入他人账户。
3.会计事后监督内容单一、方式传统、时间滞后。传统的会计事后监督只偏重事后监督，缺乏对重大会计事项的事前审查和事中检查。仅就事后检查工作来看，检查的内容多是凭证要素、计息积数及账务核对等。对重大会计事项的授权审批、暂收、暂付的科目，印、押、证分管使用情况等重大事项缺乏实时有效的监督。另外偏重事后检查所导致的一个突出问题就是监督时滞问题。往往是事后查出问题，已经是“出了门的”或“隔了夜的”，失去了会计监督防火墙的作用，造成银行资金安全隐患。
三、解决基层中央银行会计外部监督和内部核算问题的对策
1.基层央行会计外部监管的对策。按照有关法律制度，区分好人民银行和银监局在支付结算、清算方面的管理职责，把支付结算管理工作做到到位不越位。不断规范自身会计基础工作，强化内控制度的落实情况，切实加强会计监管队伍建设。人民银行总行要尽快建立健全中央银行支付结算监管框架，形成规范的监管流程和严谨的监管标准，加强对金融机构支付结算和清算全过程的持续性监管。尽快开发与大额支付、小额支付系统联网运行的账户管理系统，实现数据共享，从源头上遏制多头开户和滥用账户等违规行为的发生。在支付结算监管队伍建设过程中，要选择政治立场坚定、责任心强、业务过硬、能够熟练掌握计算机技术的人员，优先充实到中央银行支付结算队伍中去。要通过采取业务培训、定期轮岗、交流检查、争先创优等多种措施，培养和锻练骨干人员，达到以点带面、优势互补的效果；在队伍年龄结构上要本着老中青相结合的原则，尽快建设一支德才兼备的支付结算管理队伍，切实组织和维护好支付、清算系统的正常运行，推动金融安全区创建活动的顺利开展。
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