法律分析：医保账户里的钱要比实际交的金额少的原因是:由于系统的原因，在缴费的时，工作人员没有及时登录到网络上，所以查询的时候，就会发现医保账户里的钱要比实际交的金额少。还有一种原因是使用医保支付医药费，也是会产生各种手续费，年费。其实，社保卡也会扣除一些管理费，再加上去医院挂号的手续费，就会出现一些差错。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。